利用JASPAR进行转录因子结合位点预测

简介

转录因子 (Transcription Factors，TFs) 是一类通过结合特定的DNA序列，从而调控基因表达的蛋白质。它们在细胞分化、发育、代谢、应激响应以及疾病（如癌症）中发挥关键作用。了解转录因子的结合位点对于揭示基因调控机制、疾病研究和药物开发具有重要意义。

先前我已经做了一个转录因子靶基因预测APP/R包（TF Target finding/TFTF），广受好评。但是有同学提出，预测出结果之后如何进行后续实验验证，如何获得结合位点，今天以JASPAR数据库Scan功能做简要介绍。

JASPAR数据库（http://jaspar.genereg.net/）是一个广泛使用的转录因子结合位点（Transcription Factor Binding Sites，TFBS）的免费开源数据库，包含了多种物种的转录因子结合位点信息，广泛应用于基因调控研究和功能预测。

步骤

利用JASPAR进行转录因子结合位点预测的步骤如下（以人源FOXO3为例）：

A.在JASPAR网站上检索FOXO3，勾选对应物种的转录因子条目。

PS：一个转录因子可能有多个条目，比如下图中除了人中的特异motif，还有人鼠公共motif，可以都选，具体根据自己的目的选择。另外，有些转录因子（如FOXO1）可能结合不同的伴侣蛋白发挥转录调控作用，可能具有不同的motif，这需要查阅文献资料进行选择，或者都纳入，看哪种结合位点最多最可靠。

B.勾选对应条目后进行，展开右边scan，可以看到一个输入框，其中需要输入启动子序列。

C.检索基因：打开Ensemble数据库（https://www.ensembl.org/index.html），搜索所需基因（以CDKN1A为例），点击show transcripts，一般选择第一个蛋白编码转录本，具体根据自己的研究目的。

D.获取启动子序列：点击左侧Export，弹出窗口中5’Flanking sequence输入2000，及获取转录起始位点上游2000bp序列（TSS2000），具体多长可以根据需要选择1000-3000bp序列。Option for FASTA sequence：Genome选择5’flanking sequence，其它无需勾选。之后next选择text打开即可获得TSS2000序列。