感谢大家的支持，欢迎给我留言！ 另外，也欢迎合作，包括实验（质粒构建，WB，流式细胞术以及常规毒理学实验等），网站制作，R语言分析绘图，视频制作等，都可。感兴趣可移步至我的简历，底部悬浮按钮可添加微信或邮件联系。
进师兄，晚上好。最近在做前列腺癌的生信分析，下载的TCGA-PRAD数据中死亡的病例非常少（10个左右），所以不能用经典的死亡事件作为终点。查阅文献发现，有人用有无复发（BCR,biochemical recurrence)作为终点，也有用有无复发和进展（DFS，无疾病生存期）作为终点。在参考文献时发现有一篇文献提供非常详细的临床文件，采用的是DFS，所以下载下来后进行学习。然后，我就发现一个问题，不知道作者是如何定义的DFS终点事件，搜索引擎多次查阅都只有相关定义，没有比较详细的区分方法，所以想在这里借这个平台请教下师兄是否了解（实在是找不到答案了），或者有其他小伙伴知道吗？先在此表达感谢！ 附上文献https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36561322/ 回复
您好，方法和两组一样的：fit <- survfit(Surv(time, status) ~ **（此处分组变量包含多组）, data = **)，再用ggsurvplot(fit)出的即是多组kmplot 你试试看，搞不定再告诉我 回复
##展示两两之间多重比较结果 surv_pair_diff <- pairwise_survdiff(Surv(OS.time, OS) ~ **, data = data, p.adjust.method = "BH") surv_pair_diff 回复
您好，王老师，又打扰了，想咨询您一下关于K-交叉验证的问题，我投了一篇关于临床诊断预测模型的nomogram，是随机抽取70%作为训练组，30%为验证者的单中心研究，而审稿人问我为什么不用K-Fold Cross-Validation to minimize the selection bias，因为之前在网上搜的方法，然后仿照的文献里也没有用到这个方法，当时没有考虑到这个问题，现在用K折一个是担心时间不够，一个是担心做出来结果有变，有没有好的办法，回复这类问题，期待您的回复，给您添麻烦了。 回复
进哥您好，你的帖子很详细，不过这一篇（https://www.jingege.wang/2020/06/28/%E6%89%8B%E6%8A%8A%E6%89%8B%E6%95%99%E4%BD%A0%E7%94%A8-graphpad-%E7%BB%98%E5%88%B6-roc-%E6%9B%B2%E7%BA%BF/）有几张图加载不出来，不知道是什么原因 回复
您好，想请问一下使用crispr cas9敲除目标位点后进行测序验证，测序PCR扩增的引物和crispr的gRNA有关联吗？设计crispr敲除后的细胞DNA PCR扩增引物时，有什么需要额外考虑的地方吗？ 回复
老师您好，学习了你的新版TCGA数据做TMB的文章，受益匪浅。现在有个问题想请教您，在做TMB的时候，如何根据某个指标，将患者分为两组，分别进行TMB呢，比如根据某个基因的表达分成高低两组，进行TMB。打扰您了，期待您的回复。 回复
进师兄，晚上好。最近在做前列腺癌的生信分析，下载的TCGA-PRAD数据中死亡的病例非常少（10个左右），所以不能用经典的死亡事件作为终点。查阅文献发现，有人用有无复发（BCR,biochemical recurrence)作为终点，也有用有无复发和进展（DFS，无疾病生存期）作为终点。在参考文献时发现有一篇文献提供非常详细的临床文件，采用的是DFS，所以下载下来后进行学习。然后，我就发现一个问题，不知道作者是如何定义的DFS终点事件，搜索引擎多次查阅都只有相关定义，没有比较详细的区分方法，所以想在这里借这个平台请教下师兄是否了解（实在是找不到答案了），或者有其他小伙伴知道吗？先在此表达感谢！
附上文献https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36561322/
老师，您这边有关于DOE分析的实用资料或者教程吗？
这个没有诶 我第一次听说 回头学习一下
请教师哥，能不能出一个关于构建过表达和敲除质粒的帖子，很想学习一下，但是又不知道如何下手
这个没有整理 因为流程有点多 虽然不难 但是涉及很多分子生物学基本概念，有需要我直接和你讲一下
Hi，我也有同样的困惑，看了很多基本概念和操作流程，但需要自己操作时还是无从下手，大神方便提点一下吗
可以的 你加我微信吧 网站我的简历有手机号和微信
王老师好~多因素重复测量方差分析，能出一期教程吗？spss或者R非常感谢。
我研究土壤生态的。实验处理很多，因素也很多（水、温、碳含量），又监测了4个时间点的土壤N指标。但是现在不会分析了。
哦哦 好的 我抽空整理一下
请教进哥，qpcr的结果，按照您之前教的方法做好了对照组设置靶值，那么在graphpad中计算p值时，是选用哪种计算方法呢？
你好 这个就需要看你需要 两组相比t-test，多组单因素ANOVO
师哥 您好，请问有机会能出一篇多组（三组或四组）生存曲线统计及绘制的教程吗？谢谢
您好，方法和两组一样的：fit <- survfit(Surv(time, status) ~ **（此处分组变量包含多组）, data = **)，再用ggsurvplot(fit)出的即是多组kmplot 你试试看，搞不定再告诉我
谢谢师哥 我试了下 统计p值好像问题 四个组的统计需要设定特别的参数吗
##展示两两之间多重比较结果
surv_pair_diff <- pairwise_survdiff(Surv(OS.time, OS) ~ **, data = data, p.adjust.method = "BH") surv_pair_diff
已解决 感谢师哥
王老师，您好。想请教一下您，用您上传的代码整合TCGA突变数据后为什么整合后的样本数量变少了
您好，王老师，又打扰了，想咨询您一下关于K-交叉验证的问题，我投了一篇关于临床诊断预测模型的nomogram，是随机抽取70%作为训练组，30%为验证者的单中心研究，而审稿人问我为什么不用K-Fold Cross-Validation to minimize the selection bias，因为之前在网上搜的方法，然后仿照的文献里也没有用到这个方法，当时没有考虑到这个问题，现在用K折一个是担心时间不够，一个是担心做出来结果有变，有没有好的办法，回复这类问题，期待您的回复，给您添麻烦了。
您好，不好意思 这个统计学上的我也不是很清楚，样本量比较少的时候建议使用K-fold，其他我也不清楚了
师哥您好 请问TCGA数据预后模型构建后 一般用GEO做外部验证都会不显著 这应该怎么解决呢
都不显著？不应该吧 循环个上千次 总归会有显著的吧 实在没有只能考虑换验证集 是因为GEO样本量低吗？换一个样本量高一点的
师哥 验证集是按训练集一样的标准（中位数）分组 我好像没在代码有涉及到循环次数… 样本量应该够的 五百多样本 但是感觉异常样本太多了(高风险患者生存时间过长) p值跑出来都0.9了…..
你好，你不是要分割数据集为训练组和测试组吗？这个分割是随机分的 所以也就存在很多种可能 不同可能得到的结果也不一样 一般样本够的话 会有可观结果
师哥您好 我没有分割数据集 整个TCGA的样本都直接用来构建模型了 后面才用GEO数据集作为外部验证 所以发现验证效果并不理想
进哥您好，你的帖子很详细，不过这一篇（https://www.jingege.wang/2020/06/28/%E6%89%8B%E6%8A%8A%E6%89%8B%E6%95%99%E4%BD%A0%E7%94%A8-graphpad-%E7%BB%98%E5%88%B6-roc-%E6%9B%B2%E7%BA%BF/）有几张图加载不出来，不知道是什么原因
已更新 谢谢啦
您好，想请问一下使用crispr cas9敲除目标位点后进行测序验证，测序PCR扩增的引物和crispr的gRNA有关联吗？设计crispr敲除后的细胞DNA PCR扩增引物时，有什么需要额外考虑的地方吗？
关系就是扩增含有gRNA target site和侧翼序列的判断，后续通过测序检测target site是否突变，设计只要考虑能否扩出还有target的序列即可 没有其它特别重要的
老师您好，学习了你的新版TCGA数据做TMB的文章，受益匪浅。现在有个问题想请教您，在做TMB的时候，如何根据某个指标，将患者分为两组，分别进行TMB呢，比如根据某个基因的表达分成高低两组，进行TMB。打扰您了，期待您的回复。
您好，就是将所有样本整合的maf文件根据您的分组进行拆分，分别进行TMB分析，不明白的话直接加微信吧 我的简历有微信
请教进哥，绘制序列的LOGO图能区分大小写字母吗？目前我所尝试的方法输入的序列是有大小写区分的，但是输出的图中都会改成大学字母。
您好，这个我不太清楚，不太明白为什么需要区分大小写。实在需要的话可以修改一下包的函数