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另外,也欢迎合作,包括实验(质粒构建,WB,流式细胞术以及常规毒理学实验等),网站制作,R语言分析绘图,视频制作等,都可。感兴趣可移步至我的简历,底部悬浮按钮可添加微信或邮件联系。


242 Replies to “给我留言”

  1. 进师兄,晚上好。最近在做前列腺癌的生信分析,下载的TCGA-PRAD数据中死亡的病例非常少(10个左右),所以不能用经典的死亡事件作为终点。查阅文献发现,有人用有无复发(BCR,biochemical recurrence)作为终点,也有用有无复发和进展(DFS,无疾病生存期)作为终点。在参考文献时发现有一篇文献提供非常详细的临床文件,采用的是DFS,所以下载下来后进行学习。然后,我就发现一个问题,不知道作者是如何定义的DFS终点事件,搜索引擎多次查阅都只有相关定义,没有比较详细的区分方法,所以想在这里借这个平台请教下师兄是否了解(实在是找不到答案了),或者有其他小伙伴知道吗?先在此表达感谢!
    附上文献https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36561322/

  2. 请教师哥,能不能出一个关于构建过表达和敲除质粒的帖子,很想学习一下,但是又不知道如何下手

    1. 这个没有整理 因为流程有点多 虽然不难 但是涉及很多分子生物学基本概念,有需要我直接和你讲一下

      1. Hi,我也有同样的困惑,看了很多基本概念和操作流程,但需要自己操作时还是无从下手,大神方便提点一下吗

  3. 王老师好~多因素重复测量方差分析,能出一期教程吗?spss或者R非常感谢。
    我研究土壤生态的。实验处理很多,因素也很多(水、温、碳含量),又监测了4个时间点的土壤N指标。但是现在不会分析了。

  4. 请教进哥,qpcr的结果,按照您之前教的方法做好了对照组设置靶值,那么在graphpad中计算p值时,是选用哪种计算方法呢?

  5. 师哥 您好,请问有机会能出一篇多组(三组或四组)生存曲线统计及绘制的教程吗?谢谢

    1. 您好,方法和两组一样的:fit <- survfit(Surv(time, status) ~ **(此处分组变量包含多组), data = **),再用ggsurvplot(fit)出的即是多组kmplot 你试试看,搞不定再告诉我

      1. 谢谢师哥 我试了下 统计p值好像问题 四个组的统计需要设定特别的参数吗

        1. ##展示两两之间多重比较结果
          surv_pair_diff <- pairwise_survdiff(Surv(OS.time, OS) ~ **, data = data, p.adjust.method = "BH") surv_pair_diff

  6. 王老师,您好。想请教一下您,用您上传的代码整合TCGA突变数据后为什么整合后的样本数量变少了

  7. 您好,王老师,又打扰了,想咨询您一下关于K-交叉验证的问题,我投了一篇关于临床诊断预测模型的nomogram,是随机抽取70%作为训练组,30%为验证者的单中心研究,而审稿人问我为什么不用K-Fold Cross-Validation to minimize the selection bias,因为之前在网上搜的方法,然后仿照的文献里也没有用到这个方法,当时没有考虑到这个问题,现在用K折一个是担心时间不够,一个是担心做出来结果有变,有没有好的办法,回复这类问题,期待您的回复,给您添麻烦了。

    1. 您好,不好意思 这个统计学上的我也不是很清楚,样本量比较少的时候建议使用K-fold,其他我也不清楚了

  8. 师哥您好 请问TCGA数据预后模型构建后 一般用GEO做外部验证都会不显著 这应该怎么解决呢

    1. 都不显著?不应该吧 循环个上千次 总归会有显著的吧 实在没有只能考虑换验证集 是因为GEO样本量低吗?换一个样本量高一点的

      1. 师哥 验证集是按训练集一样的标准(中位数)分组 我好像没在代码有涉及到循环次数… 样本量应该够的 五百多样本 但是感觉异常样本太多了(高风险患者生存时间过长) p值跑出来都0.9了…..

        1. 你好,你不是要分割数据集为训练组和测试组吗?这个分割是随机分的 所以也就存在很多种可能 不同可能得到的结果也不一样 一般样本够的话 会有可观结果

          1. 师哥您好 我没有分割数据集 整个TCGA的样本都直接用来构建模型了 后面才用GEO数据集作为外部验证 所以发现验证效果并不理想

  9. 进哥您好,你的帖子很详细,不过这一篇(https://www.jingege.wang/2020/06/28/%E6%89%8B%E6%8A%8A%E6%89%8B%E6%95%99%E4%BD%A0%E7%94%A8-graphpad-%E7%BB%98%E5%88%B6-roc-%E6%9B%B2%E7%BA%BF/)有几张图加载不出来,不知道是什么原因

  10. 您好,想请问一下使用crispr cas9敲除目标位点后进行测序验证,测序PCR扩增的引物和crispr的gRNA有关联吗?设计crispr敲除后的细胞DNA PCR扩增引物时,有什么需要额外考虑的地方吗?

    1. 关系就是扩增含有gRNA target site和侧翼序列的判断,后续通过测序检测target site是否突变,设计只要考虑能否扩出还有target的序列即可 没有其它特别重要的

  11. 老师您好,学习了你的新版TCGA数据做TMB的文章,受益匪浅。现在有个问题想请教您,在做TMB的时候,如何根据某个指标,将患者分为两组,分别进行TMB呢,比如根据某个基因的表达分成高低两组,进行TMB。打扰您了,期待您的回复。

    1. 您好,就是将所有样本整合的maf文件根据您的分组进行拆分,分别进行TMB分析,不明白的话直接加微信吧 我的简历有微信

  12. 请教进哥,绘制序列的LOGO图能区分大小写字母吗?目前我所尝试的方法输入的序列是有大小写区分的,但是输出的图中都会改成大学字母。

    1. 您好,这个我不太清楚,不太明白为什么需要区分大小写。实在需要的话可以修改一下包的函数

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