NCBI在线引物设计
⑦单击选择“pick primers”即可跳转到Primer-BLAST页面。
⑧引物特异性验证区
六种数据库可供选择,推荐使用“Refseq representative genomes”数据库,用户也可使用自己的序列作为搜索数据库。
引物的可视化结果,可以显示所有引物的起始和终止位置,基因的CDS区,外显子的位置等。
根据引物设计原则选择最佳引物序列,示例中的最佳引物序列为Primer pair 3,把引物复制下来发给引物合成公司合成即可。
Primer Bank
以human p53为例进行引物设计,p53在human中的基因名为TP53,进入网站后,点击选择基因,输入基因+物种,最后点击搜索
PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
![](https://www.jingege.wang/wp-content/uploads/2020/08/2020081602581741981329212.jpg)
如何寻找的TP53基因,以下图为例:
![](https://www.jingege.wang/wp-content/uploads/2020/09/2020081603033445785983370.jpg)
用PrimerBank设计引物不仅可以用基因信息搜索,同样可以通过mRNA和蛋白搜索,只需利用NCBI找到对应的ID输入即可。
![](https://www.jingege.wang/wp-content/uploads/2020/08/2020081602581812715811296.png)
![](https://www.jingege.wang/wp-content/uploads/2020/08/2020081602581848142934828.png)
进入PrimerBank网站后,选择数据库类型、物种,输入Gene ID,最后点击提交。
PrimerBank:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
![](https://www.jingege.wang/wp-content/uploads/2020/08/2020081602581962711121590.jpg)
最后输出确认基因信息,然后选择多对引物供。
![](https://www.jingege.wang/wp-content/uploads/2020/08/2020081602581973552365162.jpg)
NCBI查询已经公布的引物序列
一、mRNA引物序列查找
二、LncRNA引物序列查找