Angiogenesis下载地址:https://imagej.nih.gov/ij/macros/toolsets/
分析步骤:
1. ImageJ软件File -> Open打开待分析图片:
也可通过点击Angiogenesis Analyzer插件下载示例图片:
下载完成后示例图片会保存在文件夹中:
2. 打开Angiogenesis Analyzer文本文件,即可见Angiogenesis Analyzer分析界面:
点击扳手形状选择Settings可设置测量参数:
点击Network analysis分析界面,Angiogenesis Analyzer插件可以分析小管形成明场图片(Phase Contrast)或荧光图片(Fluo):
本图片为明场图片,点击Analyze HUVEC Phase Contrast,等待分析完成后即可得到分析结果:
3. File -> Save as…即可保存结果到Excel表格,Angiogenesis Analyzer插件可以得到如下诸多结果:
4. Angiogenesis Analyzer插件Analyze Binary Tree也可以分析二值化的网络结构(如神经元、血管等):
最后,如果大家感兴趣可以点击 Open On Line Documentation查阅有关在线文档。
今天给大家分享血管形成实验就到此为止了,希望对大家有所帮助!
参考文献:
1. DeCicco-Skinner KL, Henry GH, Cataisson C, et al. Endothelial cell tube formation assay for the in vitro study of angiogenesis. J Vis Exp. 2014
2. Carpentier, G. ImageJ contribution: Angiogenesis Analyzer. ImageJ News. 2012
3. Wüstehube J, Bartol A, Liebler SS, et al. Cerebral cavernous malformation protein CCM1 inhibits sprouting angiogenesis by activating DELTA-NOTCH signaling. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107(28):12640-5
你好,我用的96孔板做的,拍的血管形成照片里管分支看起来很粗,直接按照你这个步骤统计会非常慢而且数量不对,需要做什么调整呢。
您好,请问分析之后显示MinError(I):not converging 是什么情况?怎么解决呢?
微信上解决,已经加我了是吧
你好请问怎么下载文本文件
这两天忙着写标书 给刚看见
右击另存为即可
您好,请交您一下,我分析的时候Image J上参数是不是要重新设置,分析后感觉和实际图片上的不太相符(环,分支,节点数量都不太对)
您好 一般不需要进行参数调整的 具体什么问题?可以加我微信,我看看
您好,我想请教一下用imageJ分析成管实验后,出来的数据,我要用哪一项数据呀,我看一般是分析成管长度和分支点数量,如果是这两项数据,那对应imageJ的数据是什么名称呢,感谢!
您好 输出表格数据缩写可以参考原文:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7360583/
管长度:tot. length
分支点数:Nd brunches
好的。谢谢。
您好 老师 我想问一下 当我用自己上传的图片去进行分析时一直处于macro error:image xxx not
found in line …. 这是什么一个情况呢请问?
不清楚,方便的话加我微信把图片发我看看 我的简历里面有微信
老师您好 我之前在未收到回复时有加过您 可能没看见 我再加一次 感谢您!
不好意思,加了吗,没看到
老师 您好 已经加上并且昨天我在微信上有给你留言了已经 期待老师的答复谢谢!
您好,我遇到了同样的问题,使用ImageJ分析血管形成时总是出现Macro Error,这个问题你解决了吗?
你好,这个问题大概率是文件太大,适当压缩一下。还有问题加我微信
老师您好,我是天津医科大学研究生 发现下载这个插件是代码 咋回事呢?
是的,插件无非就是JAVA的代码,你直接在image J中open打开你下载的插件txt文件
王老师好,您的这篇文章真是雪中送炭~!我有一个问题请教您,Angiogenesis Analyzer插件中测量血管长度和面积的单位是什么?
如图所示,默认单位为pixel像素,如果图片有标尺,您可以根据标尺像素长度和实际长度进行手动换算
祝好,祝顺利,有问题再沟通
你好,我是江苏大学的一名硕士生,在用image j分析HUVEC成管实验数据时遇到了一点疑惑,想请教下您。在成管前我的细胞是带有绿色荧光的,在荧光显微镜拍下后,准备用image j 分析,我下了Angiogenesis Analyzer插件,在打开图片后选择的“Analyze HUVEC Fluo”但是却提示“image must be 8 or 16 bits encoded”,下面应该怎么操作啊,求解答,谢谢。
同学你好,需要点击菜单栏上Image-Type-8 bit转换一下即可,还有问题可以加我微信
你好,我也遇到了这个问题,我已经通过image -type-8 bit转换啦,但是还是不行
也许图片过大 你先试着压缩一下 把分辨率调低一点 不行加微信 导航栏我的简历里面有微信和手机号