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Angiogenesis下载地址:https://imagej.nih.gov/ij/macros/toolsets/

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/cef66183b3a94c219bc83957d81f8979.png
图片来源 ImageJ网站

分析步骤:

1. ImageJ软件File -> Open打开待分析图片:

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/f10e405b2d5b4bbb990454618288b245.jpeg
图片来源 Angiogenesis Analyzer网站示例图片(http://image.bio.methods.free.fr/ImageJ/?Angiogenesis-Analyzer-for-ImageJ&artpage=4-6&lang=en#outil_sommaire_4)

也可通过点击Angiogenesis Analyzer插件下载示例图片:

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/2121517995044ab4a9629ccf911b48e4.png

下载完成后示例图片会保存在文件夹中:

2. 打开Angiogenesis Analyzer文本文件,即可见Angiogenesis Analyzer分析界面:

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/29807e4d70b94d9098fe1ce8c9d04ba6.jpeg

点击扳手形状选择Settings可设置测量参数:

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/57112df9b4b847ccb21c18376a7d74a4.png

点击Network analysis分析界面,Angiogenesis Analyzer插件可以分析小管形成明场图片(Phase Contrast)或荧光图片(Fluo):

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/15a5e876e17e45788e4d6b9c4000435c.jpeg

本图片为明场图片,点击Analyze HUVEC Phase Contrast,等待分析完成后即可得到分析结果:

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/c882401a0d674f3fbe32095a923c7575.jpeg

3. File -> Save as…即可保存结果到Excel表格,Angiogenesis Analyzer插件可以得到如下诸多结果:

4. Angiogenesis Analyzer插件Analyze Binary Tree也可以分析二值化的网络结构(如神经元、血管等):

http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20191020/8bc8be78939f432ea1c69033f5b0c360.png

最后,如果大家感兴趣可以点击 Open On Line Documentation查阅有关在线文档。

今天给大家分享血管形成实验就到此为止了,希望对大家有所帮助!

参考文献:

1. DeCicco-Skinner KL, Henry GH, Cataisson C, et al. Endothelial cell tube formation assay for the in vitro study of angiogenesis. J Vis Exp. 2014

2. Carpentier, G. ImageJ contribution: Angiogenesis Analyzer. ImageJ News. 2012

3. Wüstehube J, Bartol A, Liebler SS, et al. Cerebral cavernous malformation protein CCM1 inhibits sprouting angiogenesis by activating DELTA-NOTCH signaling. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107(28):12640-5

16 Replies to “使用ImageJ插件Angiogenesis Analyzer对血管网络进行定量!”

  1. 您好,请交您一下,我分析的时候Image J上参数是不是要重新设置,分析后感觉和实际图片上的不太相符(环,分支,节点数量都不太对)

  2. 您好,我想请教一下用imageJ分析成管实验后,出来的数据,我要用哪一项数据呀,我看一般是分析成管长度和分支点数量,如果是这两项数据,那对应imageJ的数据是什么名称呢,感谢!

  3. 您好 老师 我想问一下 当我用自己上传的图片去进行分析时一直处于macro error:image xxx not
    found in line …. 这是什么一个情况呢请问?

      1. 老师您好 我之前在未收到回复时有加过您 可能没看见 我再加一次 感谢您!

          1. 老师 您好 已经加上并且昨天我在微信上有给你留言了已经 期待老师的答复谢谢!

  4. 老师您好,我是天津医科大学研究生 发现下载这个插件是代码 咋回事呢?

  5. 王老师好,您的这篇文章真是雪中送炭~!我有一个问题请教您,Angiogenesis Analyzer插件中测量血管长度和面积的单位是什么?


    1. 如图所示,默认单位为pixel像素,如果图片有标尺,您可以根据标尺像素长度和实际长度进行手动换算
      祝好,祝顺利,有问题再沟通

  6. 你好,我是江苏大学的一名硕士生,在用image j分析HUVEC成管实验数据时遇到了一点疑惑,想请教下您。在成管前我的细胞是带有绿色荧光的,在荧光显微镜拍下后,准备用image j 分析,我下了Angiogenesis Analyzer插件,在打开图片后选择的“Analyze HUVEC Fluo”但是却提示“image must be 8 or 16 bits encoded”,下面应该怎么操作啊,求解答,谢谢。

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