MSP引物设计参考原则
- 确保目标序列中有非 CpG 的 C 的个数。如果你没有足够的 C 位于非 CpG 内，那么未转化的 DNA 和甲基化的 DNA 看上去会差不多，以 6～7 个 CpG 为理想。如果低于这个，那么特异性会降低。你会得到非特异性的扩增，因为它区分度不够。
- 让产物短一点亚硫酸氢盐转化的过程会损伤模板 DNA，因此尝试扩增较小的片段（小于 150 bp），将得到最佳的结果。如果你通过电泳来运行产物，那么确保你能够将 M 引物的产物与 U 引物的分开。
- 遵守 PCR 的原则 PCR 引物设计的所有原则也适用于 MSP。1）引物的退火温度要相当，如果可以的话，将 M 引物和 U 引物设计成相同的条件，这样可同时运行。2）引物之间不要形成二聚体，一般引物自身连续互补碱基不大于 3 bp。
分享一个用于获得Bisulfite处理后的DNA序列的小程序，同时得到CpG位点数目，基于R/Shiny：
新版整合在我的toolkit里面：