windows下可以直接使用installr包来更新R。

> library(installr)
> updateR()

installr包有一系列的函数:

updateR, install.R, install.RStudio, install.Rtools, install.pandoc, install.MikTeX, install.git, install.git, 
install.GraphicsMagick, install.ImageMagick, check.for.updates.R, install.URL, install.packages.zip

最常用的是updateR()和installr()。
更新R包则可以使用Y叔写的 rvcheck 包。使用rvcheck::update_all()可以自动更新CRAN, Bioconductor和Github上的R包。其实可以放到系统任务里，每月自动更新一次，然后就可以完全不用管升级的事情。

## 安装加载包
#install.packages("rvcheck")
##
library("rvcheck")

#检查R是否有更新
rvcheck::check_r()
#检查R是否有更新
rvcheck::update_all(check_R = FALSE,which =c("CRAN","BioC","github"))

很遗憾的是上面的方法不适用于linux系统，Linux系统升级可参考如何升级R。
更简单的方法：

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

参考：
Update R packages