转载自：解螺旋·临床医生科研成长平台
众所周知，欲知分子功能，必先寻其搭档。而蛋白质作为lncRNA的老搭档，确实为其在细胞内的开疆扩土立下了汗马功劳。尽管现阶段仍没有完全屡清楚lncRNA和蛋白质间那千丝万缕的关系，但也已有若干lncRNA蛋白靶点筛选利器稍微吹散了笼罩其上的厚重浓雾。
虽说生物信息学预测能为大家提供很多线索和思路，但以下常用技术则以实验数据说话，能做到更好的“一击制敌”，降低预测误差。
lncRNA与蛋白之间相互作用的研究方法
其中，RIP和RIP-chip/seq、CLIP等方法均是以蛋白质为中心的检测方法，旨在找出与靶蛋白互作的RNA片段；而RNA pulldown、ChiRP和CHART则是以RNA为中心的检测方法，主要通过纯化的RNA提取和它绑定的蛋白质，然后使用质谱蛋白质芯片和其他的技术来检测蛋白质的类别。
lncRNA结合蛋白实验方法
RNA 免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation，RIP）是一项用于检测蛋白与特异性非编码RNA之间相互作用的技术。能与特定蛋白发生结合并被沉淀下来的RNA，可以通过实时定量PCR或测序的方法进行鉴定。
RIP-Chip和RIP-seq则是将传统的RIP技术与芯片技术及高通量的测序技术相结合。通过这两项技术，可以实现一个蛋白与多个RNA之间相互作用的鉴定。而其缺点在于不能够识别出和蛋白质互作的具体的RNA位置。
CLIP(Cross Linking-Immunprecipitation)染色质免疫沉淀，是一项体内研究RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。主要分为以下三种形式：高通量的CLIP测序技术（HITS-CLIP）、光激活核糖核酸增强型CLIP（PAR-CLIP）和单个核苷酸分辨率CLIP（iCLIP）。
其主要原理是基于RNA与其相应的RNA结合蛋白会在紫外照射下会发生共价结合，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白复合物沉淀之后，回收其中的RNA片段，进行qRT-PCR检测或测序分析。
RNA-pulldown实验使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot实验或者质谱（mass spectrometry）检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。
ChIRP（chromatin isolation by RNA purification）是一种高通量的研究方式，可检测与RNA相互结合的蛋白或者DNA片段。通过RNA与生物素标记的寡核苷酸杂交，然后通过streptavidin的beads进行纯化。而纯化获得的产物可用于下游的分析，如深度测序、免疫印迹法和质谱分析等来确定目的RNA、DNA或者蛋白。
CHART（capture hybridization analysis of RNA targets）是一种基于杂交的用于检测能与lncRNA相互结合的蛋白或DNA靶标的方法，用以分析非编码RNA在基因组中的结合位点。CHART与ChIRP的原理类似。但是两者之间的区别在于探针设计的方法有所差异。
而与ChIRP和CHART类似，RAP方法也被用于通过与反义生物素化寡核苷酸杂交来捕获目标lncRNA。RAP最显着的特点是使用长捕获探针（> 60个核苷酸），形成非常稳定的RNA-DNA杂交体，可显著减少脱靶核酸或蛋白质的非特异性相互作用。
lncRNA结合蛋白预测数据库
显然以上高逼格的技术是相当烧钱的，如果经费着实有限的话，不若老老实实抱生物信息学的大腿，按照一定的方向去按图索骥，再搭配上FISH、RNAi、WB、qPCR等普通实验，也是可以得到某些杂志期刊的青睐。
网址：http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group
这是一个非常好用的RNA与蛋白结合预测网站，共包含6个不同的分析模块。其中，catRAPID omics可用于预测某个lncRNA能和哪些蛋白结合，或者预测某个蛋白能和哪些lncRNA结合；
而其它模块则用于进一步分析和评估某一特定lncRNA与某一特定蛋白的相互结合关系，如结合位点、相互作用倾向等。
网址：http://bioinfo.bjmu.edu.cn/lncpro/
该网站是一个为数不多的专门用于预测lncRNAs和蛋白质相互作用的工具。其通过对lncRNA二级结构、氢键倾向和范德瓦尔斯力进行计算，从而对lncRNA-protein配对关系进行预测。且其操作界面比较友好，只需提交RNA序列，点击submit即可获得lncRNA结合蛋白。
网址：http://www.bioinfo.org/NPInter/index.htm
NPInter是由中科院生物物理所开发的专门收录非编码RNA相互作用分子的平台，到现在已经是V3.0版本。
目前该数据库收录了超过188个不同组织或者细胞来源的491,416个不同关系，涉及包括人、大小鼠、拟南芥等在内的20多个不同物种；且涉及到的RNA-protein对超过33万，RNA-RNA对超过15万，还有大量的RNA-DNA关系对，DNA-TF，DNA-DNA，DNA-Protein等关系。
网址：http://lncrnator.ewha.ac.kr/index.htm
lncRNAtor是一个包含表达谱，ncRNA-蛋白结合和进化分值和编码能力注释的LncRNA序列的数据信息平台。LncRNA-蛋白结合是lncRNAtor一个特有功能。此外，lncRNAtor提供了一个器官、癌症、药物、组织和发育阶段等RNA-Seq数据的整合分组。
网址：http://rnacommender.disi.unitn.it/
RNAcommender是全基因组推荐RNA -蛋白相互作用的一种工具。它通过传播可用的交互信息，将蛋白质结合领域组成和RNA预测的二级结构考虑在内，进而预测一些还未知其功能的RNA结合蛋白。
网址：http://mlg.hit.edu.cn/tf2lncrna/index.jsp
该工具主要用于评估TFs与lncRNAs之间的相关性。使用超几何检验对ENCODE数据库中的ChIP-seq数据进行基因本体(GO)或通路富集的统计评估。
参考文献：Unveiling the hidden function of long non-coding RNA by identifying its major partner-protein.