随着表观遗传学研究的不断深入，研究人员发现了一种可逆性的 RNA 甲基化—m6A，同时陆续定位了哺乳动物转录组中的 m6A，鉴定了具有动态修饰的「readers」、「writers」和「erasers」蛋白，解析了 m6A 在转录后调控中的一些功能。由此，RNA 甲基化（m6A）研究在表观遗传领域开始崭露头角，成为前沿的热点！

RNA甲基化修饰过程中的关键分子

Writers：将甲基化修饰“写入”RNA，即介导RNA的甲基化修饰过程。最常见的分子是METTL3和METTL14，两者可在体外和体内催化mRNA（和其他细胞核RNA）的m6A甲基化。WTAP是这种甲基转移酶复合体中的另一个关键组分。

Readers：“读取”RNA甲基化修饰的信息，并参与下游RNA的翻译、降解等过程。比如具有YTHDF结构域的蛋白能够识别并结合mRNA中的m6A，而这种结合会减少mRNA的半衰期促使其降解

Erasers：将RNA甲基化修饰信号“擦除”，即介导RNA的去甲基化修饰过程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA（和其他细胞核RNA）上的m6A甲基化。

想蹭热点？给大家介绍一个免费在线预测哺乳动物m6A修饰位点的网站SRAMP。

网址：http://www.cuilab.cn/sramp

进入SRAMP网页

 点击“Prediction”按钮

选择预测的模型

左边的“Full transcript mode”在对编码和非编码RNA进行预测时，建议使用此模式。 注意，在该模式中，应使用完整转录物（具有内含子）而不是成熟mRNA / cDNA序列的基因组序列。而对于没有完整基因组序列的用户来说，可以选择右侧的“Mature mRNA mode”，这种预测模式是一种备选解决方案，相对来说预测的准确性不如左边的，该模型适用于成熟mRNA（cDNA）序列，不能预测内含子中的m6A位点。

下面我们演示的是网站默认的test1(TROVE2)序列，后面的选项都是默认的，点击“Submit”就可以预测序列的m6A结合位点了。

耐心的等待

预测结果

有两个结合位点，在“Decision”列中可以看出预测的两个结合位点具有很高的可信度。SRAMP网站提供了几个阈值：99 %/95%/90%/85%，分别对应very high/high/moderate/low的自信度，当然我们一般都挑选“very high”啦。预测结果是按照“Position”位置排序的，所以还需要综合各个位点“Score”情况。

       SRAMP网站还提供了RNA二级结构m6A位点结合预测功能，写材料，发文章，有个图不是更加美观？看到这个画面的时候，网站默认选项是“NO(default)”，我们选择“YES(much slower)”,然后点击“Submit”就行，计算过程需要花更多的时间，这个取决于提交序列的长度，请各位客官耐心等待。

预测结果

点击“Draw”，RNA二级结构m6A位点预测图就出来了

       SRAMP网站运算速度比较慢，如果需要预测的序列较多，有一台不错的电脑，可以自行下载SRAMP tool（压缩包大概2G），同时安装R语言和Perl语言就可以运算了。

SRAMP算是一个不错的网站，界面相当简洁，由北京大学创建的；还有两个m6A甲基化预测的网站都是由中山大学创建的，点个?。

（1）RMBase v2.0  

网址：http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/

（2）m6Avar  

网址：http://m6avar.renlab.org