在进行miRNA数据分析或者文献检索时,我们往往发现不同时期的同一个miRNA会有明明上的差异,如何进行统一标化,这里推荐一个R语言包“miRNAmeConverter”,还有另外一个功能更为强大的“miRBaseConverter”,详情大家可见官方说明。
这里以一个我用来转换miRNA表达矩阵中miRNAs名字的函数简要举个例子(仅做参考):
library(miRNAmeConverter)
nc = MiRNANameConverter()
transfor_miRNA<-function(ddd){
ttt<-translateMiRNAName(nc, ddd$DATA) # Translate miRNA names
ttt<-ttt[c(2,3)]
#提取转换好的列
colnames(ttt)<-c("DATA","v22")
hebin<-merge(ttt,ddd,by="DATA")[,-1]
#将转换好的与原始的合并并删除原来的命名
colnames(hebin)<-colnames(ddd)
hebin<-rbind(ddd[1,],hebin)
return(hebin)
}