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有不少小伙伴是做肿瘤耐药研究的,今天我们就介绍一个数据库GDSC:Genomics of Drug Sensitivity in Cancer,看这个数据库如何帮我们做好我们的研究工作。

数据库网址:http://www.cancerrxgene.org/,打开后主页是:

C:\Users\JINWAN~1\AppData\Local\Temp\1627046600(1).png
那么,这个数据库能实现的信息包括:

1、从药物出发,查询肿瘤药物基本信息,如IC50、靶点、信号通路检索,以及耐药、敏感相关基因;

2、从基因出发,查询基因在肿瘤中的突变情况、对药物敏感耐受信息;

3.  从肿瘤细胞株出发,查询基因突变以及药物敏感信息;

因此这是一个整合了药物、基因和肿瘤信息的数据库,可以三者互查。

一、从药物出发

我们在做肿瘤耐药研究的时候,经常会从一种药出发研究肿瘤耐药的机制,而GDSC就收录了常用的265种肿瘤药物的IC50、靶点、信号通路等信息,我们看一下:

在主页的三个主题Compound、Cancer Feature和Cell line中,我们点击Compound:

http://userimage8.360doc.com/21/0723/20/58785773_202107232048240761.jpg
结果出来所有药物的列表信息:


比如我们想了解阿霉素Doxorubicin的有关信息,就可以在filter后的框中输入Doxorubicin,结果就出来了:

单击Doxorubicin名字后就出现了有关Doxorubicin的信息了:


我们可以选择关心的肿瘤类型:lung adenocarcinoma(LUAD),查到肺腺癌59株细胞系的IC50值:

这样,我们就查到了阿霉素有关的基本信息了,接下来我们再考虑一个问题:阿霉素Doxorubicin的耐药与哪些基因有关呢?

在刚才的界面中,选择散点图(Scatter Plot):


在上图中单击Select Feature:


结果显示:cnaPANCAN411等与阿霉素耐药是相关的,那么cnaPANCAN411是个什么东东呢?

我们从开始界面 Cancer Feature查一下:

单击Cancer Feature,


在出现的结果里面有Variantcna两类,意思是编码基因异构体的Variant,比如由于基因突变造成的不同转录本;cna是copy number alteration,即基因的拷贝数变异。那么我们就知道刚才查到的cnaPANCAN411是一类拷贝数变异组合,那么具体代表什么呢?我们输入检索并打开,显示结果如下:


这里我们看到cnaPANCAN411与多种药物的耐药有关,我们单击五角星的show gene,就显示了cnaPANCAN411的基因组成了:

当然,我们也可以从初始界面根据信号通路来找药物,比如细胞周期有关的药物和靶点。

二、 从基因出发

这里我们反过来关心一个问题:BRAF的突变与肿瘤对哪些药物敏感或者耐药相关?

这样我们在Cancer feature界面中输入TP53后单击打开,


我们看到TP53突变后对Oxaliplatin等的敏感性增强,具体的肿瘤是:

三、 从肿瘤出发

这次我们从肿瘤出发,看能获取哪些信息,我们以肺腺癌细胞株A549为例检索:

单击打开:


每个点都是一个药,打开后内容如前所述,我们就不展开说明了。

That’s all. Thank you!

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