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shRNA的设计

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/gene/search

在这里输入基因的转录本号

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Microsoft\Windows\INetCache\Content.Word\21758668-4e629e9d83983eb9.webp.jpg
转录本号

点进来可以看到很多,下载csv文件,选取前面的设计好的引物

需要参考下面这篇文章里的方法将质粒载体换成自己所用的,也就是将前后酶切位点和中间的loop序列替换掉:

shRNA序列设计与载体构建

shRNA序列设计与载体构建

7 Replies to “shRNA的设计 ——GPP Web Portal”

  1. 您好,想再问您一下,我要设计一个阴性对照序列该怎么设计呢?我老师让我找一条阴性对照序列放到同样的载体上。

    1. easy 找一个你所研究物种上没有的基因进行设计 for example 绿色荧光蛋白GFP基因 or 萤火虫荧光素酶基因luciferase

  2. 您好,请问CSV文件中的match region 为3’UTR和CDS的,有啥区别呢?我应该怎么选呢?

    1. 您好,其实就是你设计的shRNA target的位置,CDS和3’UTR区域都能够导致其降解,从而影响其翻译,都可以选择,选择主要依据工具给出的评分Score 一般越靠前越可靠

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