GEO数据库是集成与NCBI下的两个子集，分别有GEO datasets 和GEO Profiles两种。
那么我们在本文中就介绍一下这两个数据库分别是什么吧。本文以文献综述的形式向大家介绍一下GEO Profiles。
GEO Profiles数据库存储源自GEO DataSets (样本集)的基因表达谱。每个文件都显示为一个图表，显示某一特定的样本集中所有样本中一个基因的表达水平。在图表底部的条形图中提供了实验背景，使得可以一眼看出基因是否在不同的实验条件下差异表达。文件还具有各种类型的链接，包括相似基因的链接，以及指向其他NCBI数据库中相关记录的链接。
a：通过在此框中输入关键字或搜索语句来确定目标GEO文件（可以在搜索中使用各种术语，包括基因名称，基因符号，GenBank号和不同研究条件）。
b：NCBI基因，Nucleotide数据库中列出的基因名；以及补充了实验的环境
c：基因注释：NCBI基因，UniGene或Nucleotide数据库中列出的基因符号，全名和别名
d：数据的记录平台
e：数据集的类别：包括实验的形式，样本数等等
f：每个图表显示数据集中所有样本中一个基因的表达水平
单击缩略图将放大图表以显示完整的信息，表达式值以及反映实验设计的数据集各个样本表达。每个图表显示数据集中所有样本中一个基因的表达水平。
a：数据集的总结，包括名称，研究过程和方法。
b：红色柱子表示一个原始提交者提供的样本记录的VALUE列中提取的表达度数。蓝色方块：表示表达式测量的等级顺序。
C：图表底部的条形表示样本集中的各个样本，可以包含一个或多个样本。每个样本都有一个类型。
D：包括了样本名，具体研究方法，检验结果已经具体的表达数值。
好的，那GEO Profiles 就到这里啦，下次我讲给你们带来GEO datasets的介绍。
参考文献：
- Barrett T, Wilhite SE, Ledoux P, et al. NCBI GEO: archive for functional genomics data sets–update. Nucleic Acids Res. 2013;41(Database issue):D991–D995. doi:10.1093/nar/gks1193
- Wilhite SE, Barrett T. Strategies to explore functional genomics data sets in NCBI’s GEO database. Methods Mol Biol. 2012;802:41–53. doi:10.1007/978-1-61779-400-1_3
另外，进哥也用R语言写了一个小程序，爬虫GEO Profiles，并进行初步差异分析，其中两组采用T检验，多组采用单因素方差分析。差异分析初步选择数据。代码用到selenium和phantomjs，没法部署到shinyapp服务器。自己用吧，感兴趣的可以找进哥索取，代码可能略粗糙。
