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最近NCBI在SRA数据上传方面改版了操作过程,较之前的操作而言,方便了很多,也明确了很多。让小编带大家熟悉一下新的操作步骤吧~

上传SRA是一个很常见的活,总结来说可以分为三步

1、注册与登陆

2、填信息(填写BioProject、BioSample、Run)

3、上传数据

01

创建帐号

在上传数据之前,需要先注册一个 NCBI 账号,登陆 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/,点击如下图所示的“Register for a NCBI account”,进入到注册页面。如果已经注册了 NCBI 账号,就可以直接跳入下一环节!

02

填信息

1

找到页面

  • 从首页(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)进入,点击Submit

  • quick start 选择SRA

  • 点击 New submission

2

填信息

  • 填个人信息

  • 填general info,如实填写就好。

如果您是第一次上传,这里选择“No”选项。

如果是补充之前项目的数据,选择“Yes”同时,填写BioProject ID。

在这里可以选择发布时间,请根据实际情况选择。

  • 填写project Info,包括项目的标题,项目摘要,以及研究课题所属的方向(可选填)

  • 选择样品类型信息,根据实际情况选择就好了,需要注意有的类型有展开的二级类型,需要选择。

  • 填写样品信息。这里是经常出错的地方,大家要注意。

01.样品少可以用网页页面直接填写,样品多可以上传excel文件

02.下载excel表格,填写后,上传

03.填的时候要注意,绿色必填,蓝色至少填一个,黄色选填,并且每两行不能一模一样,得有差异

04.填完后,添加附件,上传

  • 填写实验相关信息,也有两种方式,直接网页填写和填写文件后上传。

这种信息一般如实填写就好了,如果有不懂的可以联系测序公司。

3

传文件

  • 上传数据

可以用网页、FTP/Aspera 或者亚马逊传输,可以根据实际情况选择。

如果样品少,可以用网页;如果样品多,可以用FTP或者Aspera,说明都很详细,一步一步来就行。

  • 上传完成后,就是最后一步Review and submit。

  • 这次NCBI的改版相对之前的操作而言,方便了很多,也明确了很多。相对于之前先建立biosample,bioproject,再建立run,从使用上方便了很多,希望大家都能很顺利的上传自己的数据。

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