1. 打开cytoscape,点击Apps，选择App Manage,选择STRING APP进行安装。

2. 安装完成后，开始导入蛋白互作网络，选择从公共数据库导入网络。打 开File-Import-Network–Public_Database。

3. 选择Data Sourse为STRING:protein query，然后输入需要富集的蛋白。输入一个蛋白，则会导入与这个蛋白相关的相互作用；如果输入多个蛋白，则会导入多个蛋白间的相互作用。输入蛋白时，可能会和STRING数据库匹配到多个相似的蛋白，可以自行进行选择。Confidence Score代表蛋白间相互作用强弱，所设置的cut–off值即为所能接受的最低值。（low=0.15； medium=0.4；high=0.7；highest=0.9）。Maximum是为互作蛋白设置的最大值。

4. 蛋白导入后，会有一个初步的网络图。

5. 关于图片的样式设置，可以调整style部分。

6. 关于网络图中内容的更改，在Apps–STRING下修改。

7. 富集分析——使用STRING Enrichment进行富集分析。选择STRING Enrichment下第一项。 默认Pvalue为0.05。

8. 富集结果在STRING Enrichment中展示。包括多种类别，通路，相关描述及富集结果。

Table Panel上的黑色筛选键，可以用来筛选不同的功能富集类别。以KEGG为例，可以得到该网络图中富集到KEGG上的结果。选中通路成员，可以在网络图中体现。

为了展示结果，现将所有蛋白统一成粉色，选中一条通路，图中黄色的部分就是该通路的成员。

如果这条通路正是你所关注的，那么你可以将这些成员及其边构建成一个新网络，进行进一步查看。

9. 没有连通到网络中的蛋白，可以删掉。然后就可以导出图片。