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1. 打开cytoscape,点击Apps,选择App Manage,选择STRING APP进行安装。

2. 安装完成后,开始导入蛋白互作网络,选择从公共数据库导入网络。打 开File-Import-NetworkPublic_Database

3. 选择Data Sourse为STRING:protein query,然输入需富集的白。输入个蛋白则会导入与这个蛋白相关的相互作用如果输入多个蛋白则会导入多个蛋白间的相互作输入蛋白时可能会和STRING数据库匹配到个相似的蛋白可以自行进行选择Confidence Score代表蛋白间相互作用强弱,所设置cutoff值即为所能接受的最低值。(low=0.15; medium=0.4;high=0.7;highest=0.9)。Maximum是为互作蛋白设置的最大值。

4. 蛋白导入后,会有一个初步的网络图。

5. 关于图片的样式设置,可以调整style部分。

6. 关于网络图中内容的更改,在AppsSTRING下修改。

7. 富集析——使用STRING Enrichment进行集分析选择STRING Enrichment下第项。 默认Pvalue为0.05。

8. 富集结果在STRING Enrichment中展示。包括多种类别,通路,相关描述及富集结果。

Table Panel上的黑色筛选键,可以用来筛选不同的功能富集类别。KEGG为例,可以得到该网络图中富集到KEGG上的结果。选中通路成员,可以在网络图中体现。

为了展示结果,现将所有蛋白统一成粉色,选中一条通路,图中黄色的部分就是该通路的成员。

如果这条通路正是你所关注的,那么你可以将这些成员及其边构建成一个新网络,进行进一步查看。

9. 没有连通到网络中的蛋白,可以删掉。然后就可以导出图片。

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