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很简单，由于国内访问miRbase很不方便，经常打不开，故下载数据自行查找。此处主要提供了常用的人，小鼠，大鼠和斑马鱼的miRNAs。若需要其它种属，请联系进哥哥。

链接 https://jingle.shinyapps.io/miRNAs/

此外，又设计了一个小程序，直接爬虫miRBase数据库，信息更多，支持所有物种所有miRNAs，该程序集成在Jingle’s tookit中：

Jingle’s shinyapps toolkit
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By 进哥哥Tags:

31 Replies to “miRBase数据库序列查找”

  1. 您好，请问怎么查找到直接的22bp的成熟序列呢？目前搜索到的序列应该是包含前体序列的

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  2. 您好，请问有大豆Gma-mir171i-3p、Gma-mir1513c miRNA的前体序列（茎环结构）和成熟序列吗，miRbase一直进不去，万分感谢。还想问一下，把这两个miRNA克隆出来是用前体序列还是成熟序列，设计引物的话就是顶头顶尾设计吗，有什么要求吗

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  3. 您好，请问有大豆Gma-mir171i-3p的miRNA的成熟序列吗，miRbase一直进不去，谢谢你

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    1. 你好，最下面jingle’s tookit里面有，输入gma-mir171i-3p，gma小写 可以得到序列
      gma-miR171i-3p Sequence UUGAGCCGUGCCAAUAUCACG

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  4. 您好进哥，老师给了茶树MiR163的相关序列，让我做克隆，要用5’RACE来获得全长基因，请问这个要怎么来设计引物？

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    1. 你好，其实也没啥特别注意的，只如果有下游的一段确定序列取个18-30bp作为引物就可以，引物就参考常规引物的要求即可
      我没有做过做过，是否是以miRNA序列本身作为引物？

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  5. 您好，请问有毛竹(Phyllostachys edulis)的miR156的成熟序列吗，miRbase一直进不去，谢谢你

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  6. 您好，我想找跟mir-25相差1-3个bp的mir应该如何操作搜索呢，mirbase一直上不去

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    1. 如果需要全部miRNA数据 加我微信发你，如果是要可以模糊匹配比对那种 后面有时间我设计一下

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  7. 你好，可以帮我找一下马铃薯（stu）的miR398的全部成熟序列吗？我自己在miBase搜索，一直不出结果。

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  8. 请问unchanged的sequence 指的是茎环结构嘛，可以把茎环结构也加上不，想查找几个mirna，比如mir21 29 182 let7的茎环结构，麻烦咯

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      1. 好的好的谢谢进哥哥，可以区分出，哪里是环，哪里是茎不，来自一个刚开始研究结构，找结合位点寻求毕业的人hh

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        1. 利用二级结构绘图工具可以实现 当然miRBase上有现成的，如果你有确定的miRNA 留一个 我给你链接 后续需要查换一下连接上的名字即可

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          1. 最帅的进哥好，可以帮忙查一下miR-21的茎环结构嘛，谢谢进哥~

          2. 诶 什么物种？人的？hsa-mir-21 UGUCGGGUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACUGUUGAAUCUCAUGGCAACACCAGUCGAUGGGCUGUCUGACA

      1. 进哥，你好：
        我也想找家猪的mature miRNA和hairpin的序列。我看网上别人是直接把整个mature.fa的下载下来，然后通过脚本只把目标物种的miRNA提取出来，想问问您这该怎么做呀？小白实在是查不到了。期待您的解答！

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          1. 进哥，您好：同求猪的miRNA成熟前体序列，Thanks♪(･ω･)ﾉ

  11. 非常感谢您的分享！请问方便帮忙找一下牙鲆（Paralichthys olivaceus）的吗？谢谢了！

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  12. 非常感谢您的无私分享！我现在在做植物的miRNA但是在mirbase上也找不到相应种属的基因，请问有什么建议吗？

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