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很简单,由于国内访问miRbase很不方便,经常打不开,故下载数据自行查找。此处主要提供了常用的人,小鼠,大鼠和斑马鱼的miRNAs。若需要其它种属,请联系进哥哥。

链接 https://jingle.shinyapps.io/miRNAs/

此外,又设计了一个小程序,直接爬虫miRBase数据库,信息更多,支持所有物种所有miRNAs,该程序集成在Jingle’s tookit中:

31 Replies to “miRBase数据库序列查找”

  1. 您好,请问怎么查找到直接的22bp的成熟序列呢?目前搜索到的序列应该是包含前体序列的

  2. 您好,请问有大豆Gma-mir171i-3p、Gma-mir1513c miRNA的前体序列(茎环结构)和成熟序列吗,miRbase一直进不去,万分感谢。还想问一下,把这两个miRNA克隆出来是用前体序列还是成熟序列,设计引物的话就是顶头顶尾设计吗,有什么要求吗

  3. 您好,请问有大豆Gma-mir171i-3p的miRNA的成熟序列吗,miRbase一直进不去,谢谢你

    1. 你好,最下面jingle’s tookit里面有,输入gma-mir171i-3p,gma小写 可以得到序列
      gma-miR171i-3p Sequence UUGAGCCGUGCCAAUAUCACG

  4. 您好进哥,老师给了茶树MiR163的相关序列,让我做克隆,要用5’RACE来获得全长基因,请问这个要怎么来设计引物?

    1. 你好,其实也没啥特别注意的,只如果有下游的一段确定序列取个18-30bp作为引物就可以,引物就参考常规引物的要求即可
      我没有做过做过,是否是以miRNA序列本身作为引物?

  5. 您好,请问有毛竹(Phyllostachys edulis)的miR156的成熟序列吗,miRbase一直进不去,谢谢你

  6. 您好,我想找跟mir-25相差1-3个bp的mir应该如何操作搜索呢,mirbase一直上不去

    1. 如果需要全部miRNA数据 加我微信发你,如果是要可以模糊匹配比对那种 后面有时间我设计一下

  7. 你好,可以帮我找一下马铃薯(stu)的miR398的全部成熟序列吗?我自己在miBase搜索,一直不出结果。

  8. 请问unchanged的sequence 指的是茎环结构嘛,可以把茎环结构也加上不,想查找几个mirna,比如mir21 29 182 let7的茎环结构,麻烦咯

      1. 好的好的谢谢进哥哥,可以区分出,哪里是环,哪里是茎不,来自一个刚开始研究结构,找结合位点寻求毕业的人hh

        1. 利用二级结构绘图工具可以实现 当然miRBase上有现成的,如果你有确定的miRNA 留一个 我给你链接 后续需要查换一下连接上的名字即可

          1. 最帅的进哥好,可以帮忙查一下miR-21的茎环结构嘛,谢谢进哥~

          2. 诶 什么物种?人的?hsa-mir-21 UGUCGGGUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACUGUUGAAUCUCAUGGCAACACCAGUCGAUGGGCUGUCUGACA

      1. 进哥,你好:
        我也想找家猪的mature miRNA和hairpin的序列。我看网上别人是直接把整个mature.fa的下载下来,然后通过脚本只把目标物种的miRNA提取出来,想问问您这该怎么做呀?小白实在是查不到了。期待您的解答!

          1. 进哥,您好:同求猪的miRNA成熟前体序列,Thanks♪(・ω・)ノ

  9. 非常感谢您的分享!请问方便帮忙找一下牙鲆(Paralichthys olivaceus)的吗?谢谢了!

  10. 非常感谢您的无私分享!我现在在做植物的miRNA但是在mirbase上也找不到相应种属的基因,请问有什么建议吗?

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