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进哥哥编写部署的基于multimiR包的miRNAs靶基因批量预测在线shiny小程序miRTarget:

shinyapp.io:https://jingege.shinyapps.io/miRTarget/

小程序使用流程
  1. 首先选择你感兴趣的物种,目前只支持三种物种:人(hsa),大鼠(rno)和小鼠(mmu);
  2. 本程序提供了三种检索模式,即(a) 输入miRNAs名称或者目录号预测靶基因;(b)输入靶基因名称预测与其结合的miRNAs;(c)已知一系列miRNAs和一系列候选靶基因,预测miRNAs-mRNAs调控网络;
  3. 输入miRNAs和/或靶基因;
  4. 最后选择检索i模式:实验验证(3个数据库:”mirecords” “mirtarbase” “tarbase”);预测(8个数据库:”diana_microt” “elmmo” “microcosm” “miranda” “mirdb” “pictar” “pita” “targetscan”)。
  5. 点击Search,耐心等待结果出现。
  6. 下载结果,自行根据需求分析,也可使用Venn图在线工具进行交集分析:Venn图在线绘制
  7. 如有问题请留言。
结果界面

更全面版本整合在Jingle’s tookit中:

7 Replies to “miRNAs靶基因批量预测在线工具——基于multimiR”

  1. An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification.请问这是什么情况?

    1. 你回复的是自动发邮件,我贴到这里来:感谢您的回复,分子ID为MIMAT0004738,名称为rno-mir-199a-3p,成熟序列为ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA
      我看了一下,确实选择validated时候报错,应该是没有关于它实验验证的靶基因数据,可以使用predict模式预测靶基因
      PS:这里使用的数据可能有一定滞后,故validated靶基因可能没有包含最近的文献报道

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