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常用的图像分析软件可对组织化学和细胞化学染色结果结果进行定量分析。常用的图像分析软件有OSIRIS/GSA Image Analyser、Imagej、Image Pro Plus(IPP)等。Imagej是美国NIH开发的一款在生物医学中应用十分广泛的免费软件,下载地址为https://imagej.nih.gov/ij/ 。该软件的显著优势是开源、免费,不受电脑系统(官网提供适用不同操作系统的版本)的限制且功能强大。在组织学中,组织样本中疾病标志物的免疫组化(IHC)为疾病分级提供了诊断指标,这将影响病人的治疗策略制定。到目前为止,组织样本的病理学分析依旧是一项耗时且依赖主观判断的工作,然而对抗体作色的强弱直接进行人为的判断会带有明显的视觉误差。因此来自印度的科学工作者基于Imagej软件设计了一款插件来实现IHC电子图片的自动定量分析和评分。今天给大家分享一个基于Imaegj的免疫组化图片分析神器:IHC Profiler。

IHC Profiler插件免费下载地址:https://sourceforge.net/projects/ihcprofiler/。

安装方法:

IHC Profiler插件使用方法:

由文献可知,胞浆着色的IHC图片读入图片后可快速得到自动评分结果:

对于细胞核着色的IHC图片:

计算Score的公式为:

Score有四个等级,分别为4/3/2/1,High Positve为4分,Positive为3分,Low Positive为2分,negative 为1分。

软件实操如下:

1、 打开Imagej软件,软件界面如下:

File,Open,打开胞浆着色的图片:

2、 点击Plugins,点击IHC Profiler,进入以下界面:

询问是否是胞浆着色,下拉可选择核着色,此处选择胞浆着色,点击OK,进入以下界面,选择H DAB点击OK。

得到结果为High Positive:

而对于胞核着色,操作略微不同:

1、 打开Imagej软件,打开胞核着色图片:

2、 点击Plugins,点击IHC Profiler,进入以下界面,选择胞核着色:

同上选择H DAB,点击OK

进入以下界面:

调节Threshold阈值选中所有核着色,点击Plugins,选择IHC Profiler Macro,得到结果:

30 Replies to “ImageJ对免疫组化图片定量评价和自动评分”

  1. 你好王博,我在看的过程中发现有的分析结果和真实差异很大,猜测是软件将所有细胞,包括我不需要看的细胞都计数进去了(如我只需要看实质细胞,但软件将间质细胞全都计算在内),我要怎么样可以设置只需要看实质/间质组织呢

      1. 进哥,我想问下Plugins下选中IHC Profiler→Mode→H DAB后系统出来的三张图片它总是标记colour1或是完全不标记任何一张图这是为什么?

  2. 你好,为什么我的imageJ 点击plugins->IHC_Profiler以后没有mode窗口,直接显示Log界面

    1. 你好 这个我不清楚诶,我使用的时候没有出现过问题 不知道你的报错信息 你重新安装或者换个电脑试试看

      1. 换了两台电脑也不行,应该是插件包的问题,您这边有ihc-profiler插件包么,有的话可以将插件包邮件发我下么

      2. 王博您好,用这个插件(胞质),所有片子结果都是Negative,曲线也明显不正常。有的片子偶尔positive,再分析重复不出来,又变成negative了。您遇到过这种情况吗

    2. 你的问题解决了吗?我刚刚安装了插件以后也是没有弹出mode界面,直接就出结果了

    3. 好像还是有些不一样,算了,不安了,直接镜下看吧,这个也得考拍照技术

    1. 自己写一个脚本 ,可以参考另一个帖子 把脚本中中间的分析代码换成:
      selectWindow(“Blank.jpg”);
      run(“IHC Profiler”, “mode=[Cytoplasmic Stained Image] vectors=[H DAB]”);
      close();
      selectWindow(“Blank.jpg-(DAB Stain)”);
      close();
      selectWindow(“Blank.jpg-(Hematoxylin Stain)”);
      close();
      selectWindow(“Color Deconvolution”);
      close();
      selectWindow(“Blank.jpg”);
      close();
      你先试试看 不行加我微信

    1. 您好 这个应该是不可以的 插件是自动计算的,如果有Java基础,或许你可以看一下imageJ插件目录下这个插件的代码

      1. 你好,为什么我的imageJ 点击plugins->IHC_Profiler以后没有mode窗口,直接显示Log界面

  3. 请问如果要用于科研(比较两张图的蛋白表达的差异,例如图1比图2降低这种),这个插件怎么能定量呢?

    1. 这个插件结果不是会得到negative、low positive、positive、high positive的比例吗,根据这些值进行定量分析
      我不清楚是否理解错你的意思 有需要继续讨论

      1. 进哥好,就是得到了4个不同的等级,要进行统计学分析的话,是把这4个等级的数值进行一个怎么的组合最终得到一个评分吗

        1. 哦哦,negative、low、median、high,你可以将l、m、h合并在一起作为positive,这个组合二看你的结果 全部分开单独分析也没有问题哦

  4. 老师您好,想咨询一下免疫组化和免疫荧光的分析,免疫荧光的荧光强度是不是不能作为半定量的判据?免疫组化是可以进行定量分析?

  5. 您好,IHC Profile怎么分析的不稳定啊,同一张图片分析了三次,结果都不一样

  6. 老师您好,请问最后的结果提示“The score is Negative ”应该怎么分析呢?

    1. 你好,最后结论这张片子是negative或positive,这个结论可以用来分析总体阳性率。如果多数片子插件给的结论都是negative,这时候需要分析的话就采用上面更具体的强阳,阳性,弱阳,阴性的具体比例进行统计分析。总的结论只是软件根据自己的参数设定给出的,你计算只需要上述具体比例就好

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