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荧光定量PCR是我们检测RNA表达最常见的实验室四大技术之一,其中引物序列的设计是大家常常遇到的问题,今天我们来介绍几个常用的查询PCR引物序列的数据库。
1. Primerbank:
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=q.png&id=148268
这个使用起来比较简单,物种只有人和小鼠两个,可以直接根据基因名进行查询:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=w.png&id=148270
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=e.png&id=148271
也可以根据转录本ID号进行查询:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=r.png&id=148272
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=t.png&id=148273

2. GETPrime 2.0:
http://bbcftools.epfl.ch/getprime
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=y.png&id=148274
前面介绍的Primerbank比较简单,对于一些不常见的lncRNA有可能查询不到,比如这个lncRNA:
CTD-2021A8.3
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=u.png&id=148275
而这个GETPrime 2.0则可以直接查询,而且可以查询多个基因,我们先看CTD-2021A8.3的查询结果,在搜索框输入CTD-2021A8.3:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=i.png&id=148276
结果:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=o.png&id=148277
不仅可以看到rank和引物序列,还可以单击detail查看:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=p.png&id=148278
不仅给出引物序列,还包括了在此中间snp的信息。

当然,这个数据库还可以查询多个基因的序列,比如:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=a.png&id=148279
查询结果:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=s.png&id=148280
这个数据库非常好用,大家可以尝试。

3. qPrimerDB:
http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=d.png&id=148281
最后这个qPrimerDb收录的物种有147个,也就是说如果你做真菌、植物、鱼、昆虫、鸟等物种也可以使用这个数据库,大家可以直接根据转录本编号、物种进行查询:ENST00000000233.9:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=f.png&id=148282
也可以下载收录的所有信息,比如拟南芥中基因的引物信息:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=attachment&filename=f%20%282%29.png&id=148283
好了,前面的几个数据库我们就介绍到这里,一般的简单查询功能都可以满足了,那几个数据库都查不到的怎么办呢?其实就像我们学作图一样,各种软件和网站可能都能实验,但是要做出自己满意的图片来还是要用代码做,而引物设计的道理也是这样,再说用Primer Premier 等工具设计还是很容易的。——穷则变,变则通,通则久。

(本文转自:小张聊科研)

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