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PubMed数据库已经很清晰好用了,但是进哥哥喜欢用R语言来呈现结果,以适应我的需求,于是推出这个基于easypubmed包的Shiny小程序,适用于批量检索,比如高通量测序结果的批量文献调研。目前小程序支持显示大部分医学生物学相关期刊中科院分区以及影响因子:

Shinyapp.io链接:https://jingege.shinyapps.io/PubmedBS/

小程序界面

小程序简单说明:

  1. Flexible key words:你需要检索的一系列基因名字,比如你感兴趣的差异表达基因列表,一行一个基因;
  2. 选择你所需要检索关键词的范围:标题(Title)和所有(All);
  3. Fixed key words:你所感兴趣的研究方向,比如癌症,注意有多种相关的别称(比如cancer,tumor),请一行一个别名输入,检索时将以OR进行连接;
  4. 选择fixed key words检索范围;
  5. 选择文献发表时间范围;
  6. 点击Search之后耐心等待结果出现,通过下拉列表选择特定Flexible keywords;
  7. 使用愉快,如有任何报错或者建议,请留言,谢谢!

2021-03-31更新说明:

  1. 添加最大检索数目选项(0-1000);
  2. 加入检索结果的研究趋势图和词云图,方便小伙伴们迅速了解感兴趣的研究方向的研究趋势,也可以在开题时作为研究背景介绍;
研究趋势柱状图(此处只显示2016-2021年的文章,而设置参数为2010-2021,原因在于需要修改maximum records,也就是说2016年至今已有500篇,如需更多,增大该参数)

2022-01-06更新说明:

  1. 删除最大检索数目选项(0-1000);
  2. 加入scihub链接;
  3. 更多信息;
  4. 一些显示bug;
  5. 2021最新IF和中科院分区。

2022-01-08更新说明:

有同学反映结果出不来,原因是检索结果太多(上千条),建议修改关键词,依据这个,进行了以下修改:

  1. 添加最大检索数目选项(0-1000);
  2. 美化了词云图,词云图依据MESH词绘制
  3. 增加期刊统计情况
z柱子上label为IF

2022-02-15更新说明:

修改了一处bug,当有关键词没有检索结果时会报错:check your logs or contact the app author for clarification

7 Replies to “Pubmed批量检索工具PubmedBS”

    1. 已经修改代码,因为有些关键词未检索到结果,代码问题导致冲突报错 已经修改 谢谢 如有使用问题 请指出

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