PubMed数据库已经很清晰好用了,但是进哥哥喜欢用R语言来呈现结果,以适应我的需求,于是推出这个基于easypubmed包的Shiny小程序,适用于批量检索,比如高通量测序结果的批量文献调研。目前小程序支持显示大部分医学生物学相关期刊中科院分区以及影响因子:
Shinyapp.io链接:https://jingege.shinyapps.io/PubmedBS/。
小程序简单说明:
- Flexible key words:你需要检索的一系列基因名字,比如你感兴趣的差异表达基因列表,一行一个基因;
- 选择你所需要检索关键词的范围:标题(Title)和所有(All);
- Fixed key words:你所感兴趣的研究方向,比如癌症,注意有多种相关的别称(比如cancer,tumor),请一行一个别名输入,检索时将以OR进行连接;
- 选择fixed key words检索范围;
- 选择文献发表时间范围;
- 点击Search之后耐心等待结果出现,通过下拉列表选择特定Flexible keywords;
- 使用愉快,如有任何报错或者建议,请留言,谢谢!
2021-03-31更新说明:
- 添加最大检索数目选项(0-1000);
- 加入检索结果的研究趋势图和词云图,方便小伙伴们迅速了解感兴趣的研究方向的研究趋势,也可以在开题时作为研究背景介绍;
2022-01-06更新说明:
- 删除最大检索数目选项(0-1000);
- 加入scihub链接;
- 更多信息;
- 一些显示bug;
- 2021最新IF和中科院分区。
2022-01-08更新说明:
有同学反映结果出不来,原因是检索结果太多(上千条),建议修改关键词,依据这个,进行了以下修改:
- 添加最大检索数目选项(0-1000);
- 美化了词云图,词云图依据MESH词绘制
- 增加期刊统计情况
2022-02-15更新说明:
修改了一处bug,当有关键词没有检索结果时会报错:check your logs or contact the app author for clarification
2023-06-25更新:
最新版影响因子和中科院分区,新版整合到Toolkit中:
进哥,又有报错了:An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification
嗯嗯 报错位置的基因 把他给删了重新查询就好 改天有空我debug一下 谢谢反馈
An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification.
这是Barplot里上面的报错,请问是什么原因呀
需要这个图吗 需要的话你发我检索内容 我看看什么问题
如果需要的话 了解R语言的话 我也可以分享源码给你
啊,源码分享给我,这是可以的吗哈哈,你人还怪好嘞!如果方便的话可以发我邮箱吗进哥,我学习学习,万分感谢!
结果没出来,两个基因说是一共有800多结果,但是等了5分钟还是没显示出来,请问是为什么呢
结果太多了,解析网页需要时间,可以细化关键词
如果需要的话我可以分享一下源码
请问影响因子信息是如何添加的呢?
就是从网上爬取其它网站的影响因子数据,然后添加进数据里面就好了。。。
报错了,check your logs or contact the app author for clarification
嗯嗯 知道原因 马上debug
已经修改代码,因为有些关键词未检索到结果,代码问题导致冲突报错 已经修改 谢谢 如有使用问题 请指出
网页打不开了。。。
咦?是这个小程序打不开吗?我试了没有问题呀,可以打开https://jingege.shinyapps.io/PubmedBS/
更新了,具体看更新说明
忍不住给你点个赞!感谢