众所周知，一个转录因子能同时控制多个基因的表达，同时转录因子的功能作用也可能受多个调控因子的影响。转录因子对基因表达的调控至关重要，如何去科学的预测靶基因的转录因子，这是我们在做转录因子研究的时候需要考虑的问题。这里给大家罗列了几个常用的转录因子预测在线工具：
Datasets | Source | Evidence |
motifmap | http://motifmap.ics.uci.edu/ | motifs |
hTFtarget | http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/ | ChIP-Seq data |
KnockTF | https://bio.liclab.net/KnockTF/index.php | Knockdown/knockout |
TTRUST | https://www.grnpedia.org/trrust/ | Pubmed |
Cistrome | http://cistrome.org/db/#/ | ChIP-Seq and DNase-Seq |
ENCODE | https://maayanlab.cloud/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets | ChIP-Seq data |
Jaspar | https://maayanlab.cloud/Harmonizome/dataset/JASPAR+Predicted+Transcription+Factor+Targets | motifs |
- 关于转录因子调控基序（motif）就不多说了，学过分子生物学的同学应该知道，motifmap和Jaspar主要基于motif进行转录因子预测；
- 因为转录因子是和DNA结合的，因此通过ChIP实验可以拉下与转录因子结合的DNA片段，结合高通量测序可以得到所有的靶基因，hTFtarget、Cistrome和ENCODE在线工具主要基于该技术；
- 另外转录因子会调控基因表达，因此敲低转录因子之后相关靶基因表达会发生改变，KnockTF就是整理了众多转录因子敲低的GEO数据集；
- 与前一点相似，在没有调低转录因子的样本中，转录因子应该也与靶基因表达之间存在相关性。因此可以基于大样本的高通量数据进行表达相关性分析。
关于这些转录因子数据库的使用介绍，大家自行查找或看一下我的B站视频介绍，当然我网站上面也有一些数据库介绍。
https://www.jingege.wang/?s=%E8%BD%AC%E5%BD%95%E5%9B%A0%E5%AD%90
现在进入正题，也就是这个转录因子预测小工具的使用及数据来源，使大家使用的时候明明白白。
- 首先打开之后是这个样子，非常之简单，相关设置如下图：
2. 等待几十秒之后可以得到结果：
3. 贴心的给出可视化结果，小于等于5个数据集使用Venn图可视化，更多的话以花瓣图进行可视化，Venn图相关参数自行摸索，基于VennDiagram包：
这是6个数据集交集的flower plot，我没有给出图形参数设置，偷个懒，默认出图还是不错的：
4. 其实针对单个在线工具，还会有很多其他参数，所以为了方便大家进一步筛选，app也提供了单个数据集的下载：
最后说一下这个app的原理：
- 对于hTFtarget、KnockTF、TTRUST和Cistrome，基于网页爬虫，所以结果是和网页搜索应该一致，对于Cistrome DB，爬虫速度相对较慢，尤其是存在多个转录本的时候。
- 对于ENCODE和Jaspar，是基于Harmonizonme数据库整理好的数据集，然后上传到我的云服务器。
- 对于相关性分析，基于Xena browser上面提供的TCGA/GTEx数据集，提取转录因子数据之后上传到我的云服务器，再基于相关性分析计算靶基因与转录因子表达的相关性。
That’s all！
Enjoy！！！
有建议请留言！
进哥，一直显示Disconnected from the server.
Reload
不能用了
请问下，为啥用不了，一点“Go”，一直是”Disconnected from the server“这个状态，点了“reload”还是一样。
老师，请问现在我输入一个基因点击GO后，新的页面左下角一直显示与服务器连接不上，这个是什么原因呢
进哥好，非常感谢您的分享，网站可以进去但搜索报错，有什么办法么？
哥哥 这现在始终登陆不进去啊。。。 是服务器的原因么 总显示失去连接
老师，请问靶基因转录因子预测工具 TCGA cancer type这里是只能填一个吗？比如：COAD READ一起填，提交后就显示 Disconnected from the server
老师好，靶基因转录因子预测小工具提交后显示：Disconnected from the server.出不来结果呢
这个为什么一直显示disconnect from server呀
GTEX 相关性会报错
为什么显示一直与服务器断联呢
网站是不是在维护呢，进入APP会输入目标基因进行选择后发现连接不上
进哥，网站最近打不开，能不能修复一下
进哥，KnockTF这个库预测不出来，是不是有bug呀
进哥，您好，我用您设计的小程序预测某个转录因子靶基因，没有得到结果，但是可以在相关文献上查到相应的靶基因。想问一下是否是种属的原因？这种情况该怎么办呢？
不知道默认基因启动子序列是多长，好像各个预测也不太一样，可靠性上打折扣了，能否完善序列输入模块了。
进哥，想请教这个分析的结果默认的是人的吧，有没有考虑将小鼠TF板块纳入呢
可以把代码放出来不，想放自己机器上跑，然后出图：）
进哥，给个citation呗
请教进哥，这个小工具预测的是输入基因的上游还是下游的转录因子呢
进哥，请问为什么我从Jasper直接预测的和在您的app里预测得到的不一样呢，是基因序列选取的版本不同嘛，还是怎么回事，麻烦进哥解答一下
感谢进哥，我想问一下如果我想预测一个酶的活性位点该如何操作？
为什么GTEx中与任一数据库预测的转录因子都没有交集呢
进哥，请问一下转录因子的靶基因也可以用这个预测吗？
目前不可以 改天更新一下 加一个模块
感谢。十分期待能够预测转录因子靶基因。
同求，感谢进哥
请问目前可以了吗
进哥你好，感谢您的分享，我想问一下取交集的TCGA数据和GTEx数据是指TCGA数据和GTEx数据中的所有基因么，还是指其中与靶基因正相关的基因呢，感谢！！
相关性系数绝对值大于设置阈值的转录因子，不是所有的
感谢进哥，前几天使用网站一直没问题，但是今天网站进不去了，是否网站出现什么问题呢？
可能大概并行用户太多 卡住了，公共服务器，难堪重负
感谢进哥的教程，但是没有找打小程序的位置？
页面底下视频上面有个按钮，蓝紫色的那个 很大的按钮