TCGA（The Cancer Genome Atlas）GDC（Genomic Data Commons）data portal 2.0（https://portal.gdc.cancer.gov）是2024年全新推出的癌症基因组数据共享平台，此版本界面采用了最先进的Web技术，为用户提供了更加直观、互动性强的数据浏览体验。新版界面的设计注重用户友好性，以直观的信息布局和流畅的操作流程，大幅提升了数据检索的效率。
PS：如果大家不习惯2.0版本的界面，贴心的TCGA团队仍然保留了原来的GDC1.0版本：https://portal.gdc.cancer.gov/v1
PS：新版功能比较多，详细介绍请查看Release Notes – GDC Docs。
此处，咱们以常规数据下载流程为目的简要介绍：
- GDC Data Portal 2.0的标题包含常用链接和功能。
左上角是 GDC Data Portal 徽标，它链接到 GDC Data Portal 的主页。徽标下方是按以下顺序排列的链接：
• 分析中心：用于访问 GDC 数据门户中所有工具的中心枢纽；
• 项目：允许浏览 GDC 数据门户中的所有项目；
• 队列生成器：队列生成器工具由各种临床和生物样本过滤器组成，用于构建用于分析的自定义队列；
• 存储库：允许浏览与队列关联的文件。
2. 对于分析中心（Analysis center），网站提供了很多方便的分析功能，大家可以自行摸索。尤其对于单个基因或者少数基因数据的获取可以基于gene expression clustering获得，不用下载完整的数据。
3. 使用数据分析和数据存储库之前需要通过队列生成器（cohort builder）创建自己感兴趣的cohort，比如TCGA-LUAD，选好之后自定义命名：
4. 转到存储库（Repository），选择自己的cohort，选择自己需要的数据类型
4.1 RNA测序数据，filter中勾选策略如下：
Experimental Strategy：RNA-Seq
Data Type：Gene Expression Quantification
Workflow Type：STAR – Counts
前俩选择好就可以了，显示如下，同1.0版本网站，add all files to cart：
4.2 对于miRNA数据
Experimental Strategy：miRNA-seq
Data Type：Isoform Expression Quantification（for isoform，包含5p/3p的数据）；miRNA Expression Quantification（相当于stem-loop的定量数据，不区分5p/3p）
Workflow Type：BCGSC miRNA Profiling
同上，add all files to cart。
4.3 对于突变数据
Experimental Strategy：WSX
Data Type：Masked Somatic Mutation
Workflow Type：Aliquot Ensemble Somatic Variant Merging and Masking
同上，add all files to cart。
5. 下载数据
点击右上角购物车（Cart）进入购物车：
同GDC1.0，咱们需要下载两个文件用于整合数据：Download Cart（Cart）和Download Associated Data（Metadata）。同时还可以下载clinic data，TSV格式即可，excel可以打开访问。
对于数据整合，我网站上的代码依然适用，毕竟文件还是这俩：
新版TCGA表达mRNA/miRNA和临床数据下载及R语言整合代码 – 王进的个人网站
新版TCGA突变maf数据下载整合及瀑布图绘制和TMB计算 – 王进的个人网站
B站分享的整合及分析可视化APP也依然适用（列表中点击超链接致B站查看视频介绍）:
B站代码获取 – 王进的个人网站