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miRNA是近年来研究的热点,掌握miRNA数据库,不仅有利于研究,同时也能够极大地节省科研时间。

以下是目前网上搜罗的一些数据库,相信不少小伙伴都会用到,但同时也有许多不方便的问题,比如,搜索或下载受限,数据库取交集,网站服务器更新,预测信息冗余。

本期介绍的工具不仅是解决了以上问题,还能做出高大上的miRNA-mRNA网络图,是不是很心动呢?

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
网址:http://starbase.sysu.edu.cn/

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。
网址:http://mirbase.org/index.shtml

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。
网址:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
网址:http://microrna.gr/tarbase/

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
网址:http://mirecords.biolead.org/

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址:http://www.targetscan.org/

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。

网址:http://pictar.mdc-berlin.de/

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。
网址:http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。
网址:http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/

10、miRanda和microRNA.org

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
网址:http://www.microrna.org/microrna/home.do/

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。
网址:http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。
网址:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/

13、miRGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
网址:http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。
网址:http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。
网址:http://mirdb.org/miRDB/

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。
网址:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。
网址:http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/

18、mirwalk2

整合多个以上microRNA数据库(mirwalk2相关tips点这里)。
http://www.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

开始详细操作流程了:
  1.     下载Cytoscape,http://www.cytoscape.org

下载与操作系统匹配的版本(支持Mac OS X、Windows 64bit、Linux),下载后安装过程与常规软件相同。

2. 在Cytoscape中下载CyTargetLinker。

4. 安装完毕后,下载miRNA数据库。

http://projects.bigcat.unimaas.nl/cytargetlinker/regins/

5. 解压下载文件hsa-regins。

6. 输入数据,新建txt文件。可以输入基因名称或miRNA名称,或者共同输入。

输入基因和miRNA个数不受限。

这里我们以TP53和miR-150为例,预测 TP53和miR-150是否存在调节关系,同时探索其他TP53的靶基因或者miR-150调控的基因。

7. 打开Cytoscape,导入 txt文件。

8. 导入后选择高级选项。

9. 勾选掉如下图的选项。

10. 单击如图column1和source node,后选择ok。

11. 忽略以下提示,选择是,即可。

12. 如下图,导入成功。

13. 点击安装CyTargetLinker中的拓展网络。

14. 加载数据库,即下载的hsa-regins文件,点击ok。

15. 勾选掉不是miRNA的数据库。

16. 等待运行结果。

17. 出现以下如图结果,即运行成功。

18. 重新布局。点击如图选项,重新布局。

19. 据库来源,p值,实验支持的类型,文献来源pmid号。

20. 选取高质量的预测信息。

在进行miRNA靶基因预测时往往会得到大量的预测信息,我们根据是否实验支持,文献报道,p值高低来缩减我们研究范围。

这里只选取实验支持的结果来构建网络。

21. 在edge table中选择好要实验支持的edge,点击如下图的选项。

22. 构建高信度的网络。

点击如图的选项。

23. 生成了原网络的高信度的miRNA-mRNA子网络。

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