进哥哥编写部署的基于multimiR包的miRNAs靶基因批量预测在线shiny小程序miRTarget：
shinyapp.io：https://jingege.shinyapps.io/miRTarget/
- 首先选择你感兴趣的物种，目前只支持三种物种：人（hsa），大鼠（rno）和小鼠（mmu）；
- 本程序提供了三种检索模式，即(a) 输入miRNAs名称或者目录号预测靶基因；（b)输入靶基因名称预测与其结合的miRNAs；（c）已知一系列miRNAs和一系列候选靶基因，预测miRNAs-mRNAs调控网络；
- 输入miRNAs和/或靶基因；
- 最后选择检索i模式：实验验证（3个数据库：”mirecords” “mirtarbase” “tarbase”）；预测（8个数据库：”diana_microt” “elmmo” “microcosm” “miranda” “mirdb” “pictar” “pita” “targetscan”）。
- 点击Search，耐心等待结果出现。
- 下载结果，自行根据需求分析，也可使用Venn图在线工具进行交集分析：Venn图在线绘制
- 如有问题请留言。
更全面版本整合在Jingle’s tookit中：
小程序链接失效了
Jingle’s shinyapps toolkit – 王进的个人网站
https://www.jingege.wang/2023/06/13/%e5%87%a0%e4%b8%aashiny%e7%bb%98%e5%9b%be%e5%b7%a5%e5%85%b7/
B站视频也可以看看
https://www.bilibili.com/video/BV1ap4y1F7g2/
这个网址已经打不开了
https://www.jingege.wang/2023/06/13/%e5%87%a0%e4%b8%aashiny%e7%bb%98%e5%9b%be%e5%b7%a5%e5%85%b7/
整合了一下
An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification.请问这是什么情况？
要不你把miRNA list发我 或者加我微信 我看看什么问题？
你回复的是自动发邮件，我贴到这里来：感谢您的回复，分子ID为MIMAT0004738，名称为rno-mir-199a-3p，成熟序列为ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA
我看了一下，确实选择validated时候报错，应该是没有关于它实验验证的靶基因数据，可以使用predict模式预测靶基因
PS：这里使用的数据可能有一定滞后，故validated靶基因可能没有包含最近的文献报道