2020年5月11日，来自中山大学肿瘤防治中心林东昕院士课题组的郑健研究员，与中肿生物信息平台左志向副研究员合作，在生物信息期刊Briefings in Bioinformatics（IF=9.101）发表了迄今为止第一个最为全面的三类m6A甲基化酶（即writers、erasers和readers）对应靶基因的数据库——m6A2Target（http://m6a2target.canceromics.org），对目前人类和小鼠中已发表的m6A WER靶基因数据进行收集整理以及对潜在靶基因进行分析预测，从而为m6A相关研究提供候选基因和研究思路。
图1. 数据库主页
该数据库不但收集了人类与小鼠两个物种1034个已有文章报道的实验验证的靶基因(Validated Targets)，还通过高通量测序数据分析获得了大量的潜在靶基因(Potential Targets)。
图2. 数据库总览
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Validated Targets模块，储存了实验验证部分的m6A WER靶基因，包括免疫共沉淀、RNA pulldown、荧光素酶报告基因系统、敲低或过表达并得到qPCR的验证等，用户可以通过此模块查询是否存在已经实验验证的m6A靶基因。
图3. 数据库Validated Targets结果表格页面
通过筛选物种，细胞系，WER类型或者选定不同的m6A WER则可以展示对应的m6A Tartgets，下方结果表格包含了物种、细胞系、WER类型、WER名称、对应的靶基因名以及文章PMID，同时还可以在表格右上方通过基因名筛选与此基因相关的结果。
点击对应表格中对应行的Detail按钮，则可以进入详情页面。如图包含HNRNP 这个m6A及其靶基因ACTB的具体信息：如Ensembl ID,HGNC ID,Entrz ID，基因类型与基因的描述。同时还提供了各个类型基因ID对应数据库的跳转链接。同时下方还有HNRNPC与靶基因ACTB之间具体的相互作用信息，如对应文章的PMID，具体的细胞系，预测的靶基因位点，实验方法，测序方法以及对功能的影响。
图4. 数据库Validated Targets详细信息页面
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Potential Targets模块。储存了通过高通量测序数据分析预测的靶基因，包括Binding与Perturbation两部分。用于查询是否存在潜在靶基因。
首先是与m6A WER有相互作用的测序数据分析整理为Binding，其中包括RIP-seq和CLIP-seq数据研究的蛋白与RNA的互作，ChIP-seq研究的蛋白与DNA互作以及通过Co-IP的方式打质谱鉴定蛋白与蛋白互作；而第二类则是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等数据中由于WER绕动（比如敲除、敲降、过表达和突变等）导致下游m6A水平、基因表达水平、可变剪接或者翻译效率发生改变的WER,作为潜在靶基因，整理为Perturbation。其中Binding是直接证据，Perturbation是间接证据。结果表格除了m6A WER以及靶基因，还有对应的测序方法相互作用类型或者对下游的影响类型。
图5. 数据库Potential targets模块中Binding与Perturbation页面
在表格下方还有不同物种以及不同WER的（下图为Perturbation中人类中所有Reader）细胞类型分布与RNA类型分布统计。
图6. 靶基因细胞系与RNA类型分布
在Binding的详情页面中，则可以具体查看不同的相互作用（Protein-DNA，Protein-RNA和Protein-Protein） Target位点的具体信息，如细胞系，GEO accession number，Target位点，高通量测序方法，相互作用类型等。
图7. Binding结果详情页面
而在Perturbation的详情页面中，则可以分别查看导致下游基因表达水平、m6A甲基化水平、可变剪接和翻译效率中的靶基因具体改变情况，如具体的细胞系和样本、差异表达、差异甲基化或者差异翻译效率的具体差异结果等。
图8. Perturbation结果详情页面
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搜索模块。选择物种和细胞系，输入基因，就可以查询这个基因是否存在已经验证的靶基因或者潜在的靶基因。如图在输入框中直接输入MYC,则可以获得与人类物种中所有实验验证和通过数据分析预测的把MYC作为靶基因的结果，方便快捷且实用。
图9. 搜索页面
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Genome Browser模块中，输入基因即可展示靶基因的各个测序数据在基因组中的位置情况。如图，输入基因SOX2,不但展示了实验验证结果在基因组中的位置情况，还展示了在RIP-seq、CLIP-seq等实验结果中SOX2与WER与SOX2相互作用的区域。同时还提供了SOX2基因上的SNP位点。
图10. Genome Browser页面
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数据下载模块。最后数据库还按照物种以及分类提供了所有数据下载，方便用户进一步的分析与挖掘。
图11. 数据下载页面
参考文献：
Deng S, Zhang H, Zhu K, et al. M6A2Target: a comprehensive database for targets of m6A writers, erasers, and readers[J]. Brief Bioinform, 2020.
作者/红丸 审核/左志向 编辑/Zinky
