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抑癌基因tumor suppressor gene,简称TSG,是一类存在于正常细胞内,可以抑制细胞生长并且具有潜在抑癌作用的基因。TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库,文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下
https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154
数据库的网址如下
https://bioinfo.uth.edu/TSGene/
最新版本为v2.0版本,共收录了1217个human TSGs, 其中包含1018个蛋白编码基因和199个lncRNA,同时对这些基因进行了多种注释,包括表达量,突变位点,蛋白相互作用等注释信息。数据库中收录的抑癌基因均可下载。
通过官网的Query菜单,可以检索基因的详细信息,以BRCA1为例,结果如下
1. General information
包含了基因名称,染色体位置,对应的pathway与疾病,序列等信息,示意如下
2. Literature
展示了该基因相关的文献和摘要信息,示意如下
3. Expression
展示该基因在不同肿瘤的正常和患病样本的表达量信息,以及差异分析的结果,示意如下
4. Regulation
包含了以下四种调控信息
- miRNA与该基因的调控关系
- 转录因子与该基因的调控关系
- 该基因的转录后修饰
- 该基因的甲基化表达谱
利用miRTarBase数据库中的miRNA靶基因信息,提供了如下所示的miRNA调控网络,示意如下
利用TransFac数据库提供了调控该基因的转录因子信息,示意如下
利用Uniprot数据库提供了该基因的转录后修饰信息,示意如下
利用DiseaseMeth数据库提供了该基因上的甲基化位点表达谱信息,示意如下
5. Variant
利用COSMIC数据库,提供了该基因上的体细胞突变和CNV位点信息,体细胞突变的结果示意如下
6. Interaction
提供了基因的相互作用信息,其相互作用来源于多个数据库,示意如下
数据库中的信息是免费下载的,这个数据库和ONGene数据库正好互补,对于肿瘤研究而言,这两个数据库都非常值得参考。