记一次使用image J批量定量IHC图片的经验

//Analyze Average Density (Average Optical Density，AOD) values IHC Images
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);

for(i=0;i<list.length;i++){
	filename=dir+list[i];
	if(endsWith(filename,"jpg")){
		open(filename);
		run("8-bit");
		run("Calibrate...", "function=[Uncalibrated OD] unit=[Gray Value] text1=[165.76 153.57 ] text2="); 
		setThreshold(0, 220, "raw");	//设置Threshold选出所有包含细胞的区域
		//run("Threshold...");
		run("Measure");  
		run("Close");	//关闭图片窗口
	}
}

将上述代码保存为txt。

选择上述保存的脚本

选择含有IHC图片的文件夹；

程序将自动运行计算文件夹下所有图片的Area和IntDen值。

保存结果，计算AOD：

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详细原理参见以下文章：

ImageJ分析免疫组化图片（Average Density，AOD）