ImageJ 的默认长度单位是Pixels（像素），所以如果想要测量实际的长度等信息，就必须重新设置长度单位。而这一步骤往往需要参考图像自带的比例尺。

实际拍照过程中，拍照软件可以印入比例尺。但如果遇到忘记设置比例尺的情况，可以利用ImageJ为图像添加合适的比例尺。

一、设置长度单位

1、打开一张有比例尺的照片，利用Magnifying Glass放大比例尺。

2、利用直线工具沿着比例尺画线。

3、设置比例尺（Analyze-Set Scale）。原图的实际像素及大小可用Photoshop得知。例如，像素为442×378，大小为15.59×13.34 cm。由于对拍摄实物放大了640倍，计算出442像素对应拍摄实物的长度为（15.59×10000/640um），再计算一个像素对应长度。如下图，设置参数为1.8像素对应1um，然后点击Global，即可设置完成。

弹出比例尺设置界面：

Distance in pixels：直线的长度

Known distance：这条直线的已知长度

Unit of length：设置单位

Global：对于所有照片应用这一比例

Tips：如果要给没有比例尺的图片添加比例尺，需要勾选Global。

设置完成后点击OK，可见图片的单位变为μm：

二、如果没有比例尺，添加比例尺（Scale Bar）

1、Set Scale后（勾选Global），打开一张没有比例尺的照片。注意：一定是相同拍照设备，同一物镜倍数拍出的照片。

2、打开添加比例尺工具（Analyze-Tools-Scale Bar）

弹出初始化界面，设置比例尺大小，比例尺的外观、字体、颜色等，可以自己选择。注意：不要勾选Overlay。

3、自定义好的比例尺就设置好了，点击OK后比例尺就出现在右下角。最后别忘记保存图片哦！（File –> Save），图片格式一般以TIFF为妙。

三、批量添加标尺

1、打开宏记录器，运行上述第二步，得到宏代码（此宏代码由本人HE图片得到，与上述示例图片参数不一样）：

   run("Scale Bar...", "width=100 height=5 font=20 color=Black background=None location=[Lower Right] bold"); 

2、编写Java批处理代码

//Add scale bar
dir=getDirectory("Select the source directory");
//无标尺的源文件夹

dir0=getDirectory("Choose the output directory");
//导出有标尺的文件夹
list=getFileList(dir);
//获取图片list
Array.sort(list);

for(i=0;i<list.length;i++){
	filename=dir+list[i];
	if(endsWith(filename,"jpg")){
		open(filename);
//打开图片
		run("Scale Bar...", "width=100 height=5 font=20 color=Black background=None location=[Lower Right] bold");
//添加标尺
		saveAs("Jpeg", dir0+list[i]);
//保存图片
		run("Close");	//关闭图片窗口

	}
}

3、运行批处理代码

plugin–>Macros–>Run–>选择批处理文件–>选择原图片目录–>选择output目录：

自动为source文件夹中所有图片添加标尺，存入output文件夹