1. 简介
ArrayExpress是高通量功能基因组数据的一个公共数据库。ArrayExpress由两部分组成 ——ArrayExpress Repository，它是一个MIAME（Minimum Information About a Microarray Experiment）支持的微阵列数据的公共档案库，及ArrayExpress Data Warehouse，它是选自档案库的基因表达谱及一致性重注释的数据库。归档的实验能够通过实验属性，例如关键词，物种，阵列平台，作者，期刊或访问号进行查询。基因表达谱能够通过基因名字和属性，例如基因本体论术语进行查询，并且基因表达谱能够被可视化。ArrayExpress是一个快速增长的数据库，目前它包含的数据来自超过5万次的杂交和超过1500000次的独特表达谱。
ArrayExpress与Geo数据库类似，里面都存储了大量的芯片表达数据，对于数据库挖掘的学员们来说，ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。比如如果你在在GEO数据库中搜索不到想要的结果时，可以在ArrayExpress数据库中搜索，它与GEO数据库互补，帮助大家完成数据的搜索和下载，方便后续的分析。今天我们先讲一下怎么在网页上下载想要的数据，后续会讲怎么用R实现数据的下载及数据的处理和分析。先放一个ArrayExpres数据库的主页链接（https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/）
2.数据下载
主页如下：
进到主页之后，我们可以先看一下这个数据库的信息，比如它是功能基因组数据，目前有72213个实验的数据，2374791个芯片数据，54.54TB的存档数据，这都是在描述ArrayExpres数据库的数据量的大小。了解完之后，我们可以在Search栏进行数据的搜索，举个栗子：我想要搜一个关于肺癌癌旁的研究，那我就输入关键字，然后点击搜索。
搜索完之后，我们看一下结果，有82个实验的研究出来了，其中有一些可能不是你想要的，怎么办呢，咱们可以加一些过滤条件，限定一下，以减少实验研究的数量。”Filter search results”这个就是添加过滤条件的地方，我现在加一些条件，比如我把研究的物种选成”物种是人（Homo sapiens）”，实验类型我选RNA Assay表达芯片，下面选Array assay，最后一个默认为全部芯片数据就好，然后点击filter即可过滤。
设置完过滤条件之后，点击搜索就会出现结果，看一下上一步过滤出来的结果，现在实验研究之用56个了，减少了。
我把出来的这个结果对应的每个字段解释一下：（以E-MTAB-3950为例）
1. Accession:数据库ID，芯片的数据库编号；
2. Title:题目也就是文章的研究方向；
3. Type:实验类型，转录组分析；
4. Organism：物种，研究的物种是人；
5. Assays：芯片样本数，有60个样品；
6. Released:上传日期，2017年6月9号；
7. Processed：处理过的数据（包括：矩阵数据和单样品数据）。如果这里有下载的箭头，可以下载到它们。
8. Raw:原始数据链接，打开后可以下载数据。
第七步和第八步是可以下载数据的啊。下面接着讲的页面也是可以下载数据的。
你还可以在下面的页面中点击E-MTAB-3950号，进入详细的页面进行查看。
进去之后信息包括：
题目：E-MTAB-3950 – Transcriptome Analysis of Preinvasive and Invasive Early Squamous Carcinoma in Archival Laser Microdissected Samples
1. Status（状态）：包括提交日期、更新日期和发布日期
2. Organism（物种）：人物种
3. Samples（样本数）:60个样品
4. Array（数组）：
5. Protocols （协议）：样品采集协议、阵列扫描和特征提取协议、归一化数据转换协议、核酸标记协议等。
6. Description（描述）：浸润性鳞状细胞癌（PSCC）是支气管上皮的局部转化，在当前或以前的吸烟者中经常观察到。
7. Experiment types（实验类型）：通过阵列转录分析，细胞类型比较设计，疾病状态设计，生物体部分比较设计
8. Contact（联系方式）：作者邮箱信息
9. Citation（引用）：这篇文章的引用方式
10. Files（文件）：包括调查描述、样本和数据关系、原始数据、处理过的数据和阵列设计，在这里可以下载到你想要的数据。