细胞划痕实验作为检测细胞迁移能力的金标实验，应用非常广泛。其原理是在融合的单层细胞上人为制造一个空白区域，称为“划痕/伤口”，边缘的细胞接收到迁移信号会逐渐进入空白区域使“划痕/伤口”愈合。因其类似体外伤口愈合过程，又名伤口愈合实验（Wound-Healing Assay），广泛用于观察药物、基因等外源因素对细胞迁移和修复的影响。
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第2步和第3步总的效果跟使用Process-Sharpen，然后Image-Adjust-Brightness/Contrast提高对比度差不多；个人认为第2步和第3步的目的是强化细胞边缘，便于与划痕（背景）区分开来，但往往会造成最后测量的划痕面积稍微偏小；大多数情况下可以不做，直接第4步就行，但是一系列图片中要么都别做，要么都做。不少教程都有这两步，这里稍作说明。
5、Image-Adjust-Threshold，通过调节阈值，使得蒙版填满划痕；这一步不能直接用Threshold来构建选区，因为两侧细胞内部可能会存在空洞（下图细胞区域的红色点），这些空洞不属于细胞划痕的面积，要排除在外，但是会被Threshold自动选中。接着点击Apply进行二值化处理，结果使得图片非黑即白；
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Variance filter radius（方差滤波器半径），要根据图片分辨率来设置，默认是10 px，主要是用来识别划痕边缘，越大计算越慢，而且会导致测量得到划痕面积偏小；
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Threshold（阈值）：将由方差滤波器得到的图像转换为蒙版；如果调小一点选区会更精细，但会丢失掉一部分选区；调大一点，对于划痕区域识别会更准，但对边缘轮廓线会进行近似处理；具体可用之前查找边缘法中的threshold建立选区的操作体验一下。 -
Radius open（空洞半径）：可用来关闭组织中的不属于划痕的空洞，要比需要排除的孔大、比划痕小，这个值默认4一般是偏小的，但是也无所谓，因为下面一个参数会很好地过滤掉空洞。 -
Min.size（划痕最小大小）：划痕的最小大小，可以进一步排除除划痕之外的其他空洞，这个大小可以使用矩形工具对划痕建立选区后进行测量，大概估算而求得； -
ignore spatial calibration（忽略标尺校正）：这里没有校正，选不选都无所谓；在做了标尺校正的时候，视情况而定是否需要，一般不勾选。 再次点击m图标，这回划痕面积会大一点，而且选区轮廓线也更贴近细胞一点；
6、然后把打开的图片，改成8 bit：Image-Type-8 bit，点击m图标即可；
http://dev.mri.cnrs.fr/projects/imagej-macros/wiki/Wound_Healing_Tool
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i<list.length;i++){
filename=dir+list[i];
if(endsWith(filename,"tif")){
open(filename);
run("8-bit");
run("Enhance Contrast...", "saturated=0.5 normalize");
run("Find Edges");
setAutoThreshold("Default");
//run("Threshold...");
setThreshold(0, 26);
//setThreshold(0, 26);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Fill Holes");
run("Analyze Particles...", "size=50000-Infinity summarize");
selectWindow(list[i]);
close(); //关闭图片窗口
}
}
请问如何批量使用插件法分析划痕呢？recorder似乎不会记录点击插件按钮的操作
那就解析插件的处理流程 然后加到自己的for循环里即可
请问如何使用插件法进行批量操作呢，recorder似乎不会记录点击插件按钮的操作
如何保存已经加好轮廓线的划痕图片，我旋转图片点击保存但是保存的图片里没有轮廓线
可以的，好像是file–>revert
你好，面积很小怎么办，就是细胞都快长满了
你好 那就全部愈合了 还有空的话手动划线计算，没有的话就是100%
你好，想问一下，用魔棒工具进行选区，最后将选区轮廓叠加到原图上，可以把轮廓线加粗一点吗。
如果指的是线条粗细颜色调整，参考如下：
1、点击进入软件imagej中，点击左上角的线性属性，在里面选择需要的直线。
2、选好直线后选择右侧的划线宽度，进行选择需要的宽度，下方即是颜色，选择需要的颜色即可设置成功。
为什么计算出的结果都很小呀，都是三位数
这个取决于你的图片像素，计算出的面积其实是像素面积
想咨询一下如何保存已经加好轮廓线的划痕图片呀？
解决了吗 选中那张图片 另存为就可以了
进哥哥有没有image J手动圈划痕然后计算面积的教程啊，细胞加药之后越来越稀疏，到后来无论是查找边缘还是方差滤波怎么调参数都识别不出来边缘了。。。真的跪了
那这个就不用教程 直接画笔沿着边缘画出划痕区域 然后measure计算面积即可
画笔在划痕边缘划线之后，魔法棒就可以识别边缘了，但是这样子魔法棒测出来的面积和画笔测出来的面积不一样，应该选哪一种？
不管怎么画 保证方法一致就好 而且需要结合自己细胞密度的具体情况
鼠标跟随太好玩了，像蒲公英。
哈哈 这不是重点
这个插件做完，结果是1，请问是为什么呀？
没有遇到过，你可以把图片发我，可能是图片本身的问题
可以发邮件或加微信交流