常用的图像分析软件可对组织化学和细胞化学染色结果结果进行定量分析。常用的图像分析软件有OSIRIS/GSA Image Analyser、Imagej、Image Pro Plus（IPP）等。Imagej是美国NIH开发的一款在生物医学中应用十分广泛的免费软件，下载地址为https://imagej.nih.gov/ij/ 。该软件的显著优势是开源、免费，不受电脑系统（官网提供适用不同操作系统的版本）的限制且功能强大。在组织学中，组织样本中疾病标志物的免疫组化（IHC）为疾病分级提供了诊断指标，这将影响病人的治疗策略制定。到目前为止，组织样本的病理学分析依旧是一项耗时且依赖主观判断的工作，然而对抗体作色的强弱直接进行人为的判断会带有明显的视觉误差。因此来自印度的科学工作者基于Imagej软件设计了一款插件来实现IHC电子图片的自动定量分析和评分。今天给大家分享一个基于Imaegj的免疫组化图片分析神器：IHC Profiler。
IHC Profiler插件免费下载地址：https://sourceforge.net/projects/ihcprofiler/。
安装方法：
IHC Profiler插件使用方法：
由文献可知，胞浆着色的IHC图片读入图片后可快速得到自动评分结果：
对于细胞核着色的IHC图片：
计算Score的公式为：
Score有四个等级，分别为4/3/2/1，High Positve为4分，Positive为3分，Low Positive为2分，negative 为1分。
软件实操如下：
1、 打开Imagej软件，软件界面如下：
File，Open，打开胞浆着色的图片：
2、 点击Plugins，点击IHC Profiler，进入以下界面：
询问是否是胞浆着色，下拉可选择核着色，此处选择胞浆着色，点击OK，进入以下界面，选择H DAB点击OK。
得到结果为High Positive：
而对于胞核着色，操作略微不同：
1、 打开Imagej软件，打开胞核着色图片：
2、 点击Plugins，点击IHC Profiler，进入以下界面，选择胞核着色：
同上选择H DAB，点击OK
进入以下界面：
调节Threshold阈值选中所有核着色，点击Plugins，选择IHC Profiler Macro，得到结果：
你好，如果免疫组化的片子既有细胞浆又有细胞核染色阳性，用哪一种分析模式呢
我想问一下那个计算公式是什么意思呀
您好，想请教一下如果没有染苏木精，只染了DAB的片子是不是不能自动出结果，我自动出的结果都是阴性，但肉眼看上去其实很深了
王博您好，我在使用IHC profiler分析免疫组化图像的时候发现单张计算和使用宏得到的结果不一样，想请问这是什么原因呢？
进哥 我的ihc片子既有核染色也有胞浆染色 请问用平均光密度统计计算可以吗 还是用其他的方法更好捏
您好 想请教您一下我安装了插件，分析数据之前的步骤都能正常进行，但是最后一步找不到IHC Profiler Macro 没办法进行计算
王博，您好，冒昧问一下您在b站的这个视频（https://www.bilibili.com/video/BV178411d7jE/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=380353d93390dc34ffd773742b4de29c）的4:47中展示的皮肤免疫组化结果是哪个指标的，是小鼠的皮肤？
想请问王博，打开IHC_profiler后直接就出了分析结果，直接跳过了选择是细胞核还是细胞质染色，这种情况怎么处理呀
王老师您好，想问下如果是组织芯片的图片，是否也需要一张一张分析。另外我们研究的这个蛋白试剂商的说明书上写的是细胞膜着色，这种可以分析么？
王老师您好，想问下如果是组织芯片的图片，是否也需要一张一张分析。另外我们研究的这个蛋白试剂商的说明书上写的是细胞膜着色，这种可以分析么？
我同一张片子为什么两次结果算出来不一样啊
进哥你好，结果的输出样式如何改变？怎样才能转变成一个7(行，显示序号、面积、各阳性率百分比、阴性率百分比、以及结果)✖n的表格?
您好，想请教一下，为什么我改变threshold的值不影响最后输出的结果？
您好，初入免疫组化分析，查了很多hscore计算的方法和原理，还是没搞懂，请问这个染色强度的四个等级是如何界定的？按照统一标准进行区分0123四个等级还是不同计算器的区分可能不一样？我看好多文献的计算方法也只是说分了四个等级再乘以相应占比去算，并没有说如何确定染色等级强度；以及按我的理解一张图只会有一个H-score且分值在0-300之间？非常感谢答疑！（如果方便的话可以邮箱交流吗我不确定您回复的话我能收到网站通知，非常感谢！）
进哥你好，可以分享一下这个评分方法的引用来源吗？感谢。
细胞膜染色不能分析吗
你好王博，我在看的过程中发现有的分析结果和真实差异很大，猜测是软件将所有细胞，包括我不需要看的细胞都计数进去了（如我只需要看实质细胞，但软件将间质细胞全都计算在内），我要怎么样可以设置只需要看实质/间质组织呢
您好，这个不清楚诶！可以加我微信发我看看，研究一下
进哥，我想问下Plugins下选中IHC Profiler→Mode→H DAB后系统出来的三张图片它总是标记colour1或是完全不标记任何一张图这是为什么？
没明白，还没搞定的话进群发截图讨论
https://jingege.wang/jingle_science/
你好，使用IHC profiler统计胞质阳性时发现肉眼观察明显阳性表达更高的统计出来结果比阴性更低，想请教是怎么解决的呢，谢谢~
你好，我也遇到了这种情况，我试了一下调亮度对比度，阳性率有提高很多，但是不知道会不会导致假阳性
请问这个问题解决了吗？
我也是存在这个问题，请问你解决了吗？
你好，为什么我的imageJ 点击plugins->IHC_Profiler以后没有mode窗口，直接显示Log界面
你好 这个我不清楚诶，我使用的时候没有出现过问题 不知道你的报错信息 你重新安装或者换个电脑试试看
换了两台电脑也不行，应该是插件包的问题，您这边有ihc-profiler插件包么，有的话可以将插件包邮件发我下么
加我微信我看看
王博您好，同求这个插件哈，我得插件点击之后用不了，谢谢啦
我也出现了同样的问题，请问你解决了吗
王博您好，用这个插件(胞质)，所有片子结果都是Negative，曲线也明显不正常。有的片子偶尔positive，再分析重复不出来，又变成negative了。您遇到过这种情况吗
你好，会有这样的情况，毕竟是软件自动设置参数，比如threshold，这个可能两次不太一样，如果不喜欢这个插件或者觉得结果不可靠，可以用AOD 我网站上有批量分析的方法ImageJ分析免疫组化图片（Average Density，AOD）
你的问题解决了吗？我刚刚安装了插件以后也是没有弹出mode界面，直接就出结果了
好像还是有些不一样，算了，不安了，直接镜下看吧，这个也得考拍照技术
请问您的问题解决了吗？我也出现了这样的问题欸
我也遇到了同样的问题，换电脑和安装包也不行，请问你解决了没
试下将IHC profiler文件夹里的java文件删掉后重新打开
王博你好，这种可以批量导入和分析吗，
自己写一个脚本 ，可以参考另一个帖子 把脚本中中间的分析代码换成：
selectWindow(“Blank.jpg”);
run(“IHC Profiler”, “mode=[Cytoplasmic Stained Image] vectors=[H DAB]”);
close();
selectWindow(“Blank.jpg-(DAB Stain)”);
close();
selectWindow(“Blank.jpg-(Hematoxylin Stain)”);
close();
selectWindow(“Color Deconvolution”);
close();
selectWindow(“Blank.jpg”);
close();
你先试试看 不行加我微信
谢谢王博！！我先试试
您好，这款插件中设定的阳性染色的阈值可以更改吗
您好 这个应该是不可以的 插件是自动计算的，如果有Java基础，或许你可以看一下imageJ插件目录下这个插件的代码
你好，为什么我的imageJ 点击plugins->IHC_Profiler以后没有mode窗口，直接显示Log界面
你好进哥，我想问一下这个插件在hematoxylin stain页面下调阈值，还是在DAB stain页面下调阈值。还有就是我的图都是阳性信号（信号弱，但都是棕色），可是照方法分析下来阳性率并不高，想不通哪里出了问题，谢谢！
请问如果要用于科研（比较两张图的蛋白表达的差异，例如图1比图2降低这种），这个插件怎么能定量呢？
这个插件结果不是会得到negative、low positive、positive、high positive的比例吗，根据这些值进行定量分析
我不清楚是否理解错你的意思 有需要继续讨论
进哥好，就是得到了4个不同的等级，要进行统计学分析的话，是把这4个等级的数值进行一个怎么的组合最终得到一个评分吗
哦哦，negative、low、median、high，你可以将l、m、h合并在一起作为positive，这个组合二看你的结果 全部分开单独分析也没有问题哦
老师您好，想咨询一下免疫组化和免疫荧光的分析，免疫荧光的荧光强度是不是不能作为半定量的判据？免疫组化是可以进行定量分析？
您好 免疫组化和免疫荧光的图片都可以用来半定量分析的，方法也类似
您好，IHC Profile怎么分析的不稳定啊，同一张图片分析了三次，结果都不一样
您好，这个我倒没有留意，不清楚怎么回事，下次我也试试看
老师您好，请问最后的结果提示“The score is Negative ”应该怎么分析呢？
你好，最后结论这张片子是negative或positive，这个结论可以用来分析总体阳性率。如果多数片子插件给的结论都是negative，这时候需要分析的话就采用上面更具体的强阳，阳性，弱阳，阴性的具体比例进行统计分析。总的结论只是软件根据自己的参数设定给出的，你计算只需要上述具体比例就好
请问强阳弱阳的比值怎么算 强阳4 中等3 弱阳是2 阴性1么
没太明白，结果给出了强阳、阳、弱阳、阴性的比例，你是什么意思 需要什么结果
有看到这样算的，
标准评分为：
根据细胞染色强度评分为 4 级，无阳性着色（阴性）计 0 分，淡黄色（弱阳性）计 1 分，棕黄色（阳性）计 2 分，棕褐色（强阳性）计 3 分；
根据阳性细胞百分比评为 4 级，≤25% 计 1 分，26%-50% 计 2 分，51%-75% 计 3 分，＞75% 计 4 分，将两项评分相乘得出最终评分结果